元宪宗二年（1252年） 查定全县户口，得484户。
宪宗七年（1257年） 大汶河上置汶水东闸，截汶水入洸河。
至元二年（1265年） 撤销宁阳县，设宁阳镇，并入滋阳县，属济宁路兖州府。
大德元年（1297年） 复设宁阳县。县城建文庙大成殿。
至正二年（1342年） 征夫2万人，疏浚洸河56里，洸河畅通。
至正四年（1344年） 农民军数百人，红巾裹头、呼声震天，攻入县城，烧毁县署。
至正七年（1347年） 县尹刘允在原址重新营建县署。
明洪武二年（1369年） 山西省洪洞县鹊喜村人开始迁居宁阳县。至1404年，30多个姓氏迁至境内定居。
洪武五年（1372年） 奉符县（泰安县）所并故城等4社,汶上县所并西黄(西疏、黄茂一带）等5村收归宁阳。
永乐九年（1411年） 汶水东闸改筑土坝。
成化二年（1466年） 设递铺5座，即泗店铺、宁阳城铺、石桥铺、伏山铺、堽城驿铺。
成化十年（1474年） 于汶水土坝西南置堽城石坝，长120丈，底宽2.5丈，顶宽1.7丈。
成化十一年（1475年） 都水分司员外郎张盛于堽城堰建龙王庙（禹王庙）。
正德六年（1511年） 河北省刘六率义军南下，一度占领宁阳城摧毁城墙。
正德十年（1515年） 重修宁阳城墙并置四门，东门称望泗，西门称临洸，南门称迎恩，北门称瞻岳。
嘉靖九年（1530年） 宁阳城墙改土筑为砖筑，开挖护城河。
嘉靖二十四年（1545年） 马政制度改革，将养马制改为征银制，每匹征银24两。
嘉靖二十九年（1550年） 明宗室朱戴垿被封为宁阳王。
隆庆五年（1571年） 县署开设学田，其收入用以补给困难生员。
万历元年（1573年） 第一部《宁阳县志》问世，知县李贞修。
万历九年（1581年） 宁阳城土墙改为外砖内土。
万历十八年（1590年） 各社始设社仓，储粟备灾荒，借贷生息。
万历二十年（1592年） 宁阳城设养济院，收养孤老。
万历三十五年（1607年） 赋役制度改革，实物税改为货币税，赋税，徭役、杂税按银两合并征收。
崇祯元年（1628年） 均丈土地，清查人口，计征粮地3115顷56亩，丁33863口。
崇祯十二年（1639年） 全县大旱，蝗灾、瘟疫并生，“斗米万钱，人相食”。
崇祯十三年（1640年） 马良、秦景据彩山率众起义，威震东部山区，一度攻打葛石店、宁阳城。
崇祯十五年（1642年） 清军攻入宁阳县，克宁阳城，明朝知县李之庚自杀。
崇祯十七年（1644年） 李自成农民军步骑兵300人越县境北。
元至明
元宪宗二年（1252年） 查定全县户口，得484户。
宪宗七年（1257年） 大汶河上置汶水东闸，截汶水入洸河。
至元二年（1265年） 撤销宁阳县，设宁阳镇，并入滋阳县，属济宁路兖州府。
大德元年（1297年） 复设宁阳县。县城建文庙大成殿。
至正二年（1342年） 征夫2万人，疏浚洸河56里，洸河畅通。
至正四年（1344年） 农民军数百人，红巾裹头、呼声震天，攻入县城，烧毁县署。
至正七年（1347年） 县尹刘允在原址重新营建县署。
明洪武二年（1369年） 山西省洪洞县鹊喜村人开始迁居宁阳县。至1404年，30多个姓氏迁至境内定居。
洪武五年（1372年） 奉符县（泰安县）所并故城等4社,汶上县所并西黄(西疏、黄茂一带）等5村收归宁阳。
永乐九年（1411年） 汶水东闸改筑土坝。
成化二年（1466年） 设递铺5座，即泗店铺、宁阳城铺、石桥铺、伏山铺、堽城驿铺。
成化十年（1474年） 于汶水土坝西南置堽城石坝，长120丈，底宽2.5丈，顶宽1.7丈。
成化十一年（1475年） 都水分司员外郎张盛于堽城堰建龙王庙（禹王庙）。
正德六年（1511年） 河北省刘六率义军南下，一度占领宁阳城摧毁城墙。
正德十年（1515年） 重修宁阳城墙并置四门，东门称望泗，西门称临洸，南门称迎恩，北门称瞻岳。
嘉靖九年（1530年） 宁阳城墙改土筑为砖筑，开挖护城河。
嘉靖二十四年（1545年） 马政制度改革，将养马制改为征银制，每匹征银24两。
嘉靖二十九年（1550年） 明宗室朱戴垿被封为宁阳王。
隆庆五年（1571年） 县署开设学田，其收入用以补给困难生员。
万历元年（1573年） 第一部《宁阳县志》问世，知县李贞修。
万历九年（1581年） 宁阳城土墙改为外砖内土。
万历十八年（1590年） 各社始设社仓，储粟备灾荒，借贷生息。
万历二十年（1592年） 宁阳城设养济院，收养孤老。
万历三十五年（1607年） 赋役制度改革，实物税改为货币税，赋税，徭役、杂税按银两合并征收。
崇祯元年（1628年） 均丈土地，清查人口，计征粮地3115顷56亩，丁33863口。
崇祯十二年（1639年） 全县大旱，蝗灾、瘟疫并生，“斗米万钱，人相食”。
崇祯十三年（1640年） 马良、秦景据彩山率众起义，威震东部山区，一度攻打葛石店、宁阳城。
崇祯十五年（1642年） 清军攻入宁阳县，克宁阳城，明朝知县李之庚自杀。
崇祯十七年（1644年） 李自成农民军步骑兵300人越县境北。