1985年11月，全县撤销12个区，合并66个乡、8个乡级镇，设立8镇12乡，即城关镇、东疏镇、伏山镇、堽城镇、磁窑镇、华丰镇、南驿镇、葛石镇，泗店乡、西疏乡、王卞乡、鹤山乡、白马乡、茅庄乡、蒋集乡、东庄乡、崔解乡、东营乡、石集乡、乡饮乡。同时，将原蒋集区花观乡程家花观、路家花观、大周村、尹家寨、官家庄、庙西、周家庄7个行政村、9个自然村划归磁窑镇管理。1985年12月，城关镇改称宁阳镇。1986年6月，东营乡改称灵山乡。1994年12月，蒋集乡、泗店乡、石集乡撤乡建镇，原行政区域未变。1995年12月，茅庄乡、白马乡撤乡建镇，原行政区域未变。至此，全县设有13镇7乡。
2001年2月，经省政府批准，撤销西疏乡，并入东疏镇；撤销王卞乡，并入鹤山乡；撤销白马镇，并入伏山镇；撤销茅庄镇，并入堽城镇；撤销南驿镇，并入磁窑镇；撤销灵山乡，并入华丰镇；撤销崔解乡，并入东庄乡；撤销石集镇，并入葛石镇。8月，葛石镇、乡饮乡进行行政村合并试点。其中，葛石镇由55个行政村合并为27个，乡饮乡由46个行政村合并为15个。2002年7月，宁阳镇部分行政村进行社区建设试点，将原西关、东关、北关、南关、连桥、邢庄6个行政村改为社区。2002年底，全县设有宁阳镇、泗店镇、东疏镇、鹤山乡、伏山镇、堽城镇、蒋集镇、磁窑镇、华丰镇,东庄乡、葛石镇、乡饮乡共12个乡镇。辖567个行政村（含6个社区），828个自然村。