1988年，开展村级卫生室清理整顿工作。1990年，实施初级卫生保健规划。1995年1月，宁阳县被评为“全省初级卫生保健达标县”。1998年，实施乡村卫生机构二轮改貌建设。1999年后，以乡、村两级卫生机构为依托，开展集预防、保健、康复、健康教育于一体的社区卫生服务。2002年，全县形成由初级卫生保健、合作医疗、一体化管理和社区卫生服务紧密结合的农村卫生综合配套发展模式，被国家卫生部和中国农村卫生协会誉为“宁阳卫生模式”，在全国推广。
乡村卫生“一体化”管理 20世纪80年代初，全县农村卫生室失去集体经济的支持，大部分解体，多数乡村医生回家开门诊，饭桌上看病，床头上拿药。至90年代初，全县非法医疗机构多达数百家，出现了滥办医、假劣药品泛滥的现象。1995年，借鉴外地经验，全县推行乡村卫生一体化管理制度，并在泗店镇、西疏乡进行试点。1998年，县委、县政府制定《宁阳县乡镇卫生院、村卫生室一体化管理办法》。按照卫生资源布局合理、方便群众的原则，将原626个村卫生室合并为396个卫生所。各卫生所的发展规划、工作目标、业务指标由乡镇卫生院统一制订。乡村医生培训、考核、奖惩、晋级、职称评定由乡镇卫生院统一组织。乡镇卫生院对村卫生所业务工作实行综合目标责任制，一年一考评。村卫生所财务由乡镇卫生院统一建账，统一上报，分所核算，并提取村卫生所收入的3%～5%，作为发展基金，统筹使用。乡镇卫生院建立中心药库，统一调拨村卫生所所需药品（包括器械、设备、消耗材料等），统一药品零售价格，药品库存情况随时核查，每月一次清资。全县乡村医生按人口的2‰比例配备，共择优聘用1926人。是年9月，泰安市农村卫生工作现场会在宁阳召开，推广宁阳县乡村卫生一体化管理经验。全县乡村一体化管理覆盖率达到80％以上。1999年，乡镇卫生院开始下派医务人员到村卫生所工作。2002年，全县312个农村卫生所建立健全诊断室、治疗室、观察室、妇幼保健室、药房、值班室等6室，统一配置诊断桌、诊疗床、药橱、药架、观察床、高压灭菌等设备。同时对1238名乡村医生进行统一培训，提高了医疗素质。
农村社区卫生 1999年，全县开始启动农村社区卫生服务工作，按照1名医务人员服务500～1000人的比例，培训全科医生500名。同时，以乡镇卫生院为依托，建立农村社区卫生服务中心；以村卫生所为基础，设立农村社区卫生服务站。每个服务站服务半径1公里左右，覆盖1500～3000人。服务站均配备电话、传呼机、电脑、打印机等设备及必要交通工具和一定数量的卫生技术人员。2000年，全县统一制作服务站门牌，统一开发社区卫生服务管理程序，统一建立居民健康档案等。各服务站面向社区老年人、儿童、妇女、残疾人等重点人群，以家庭为单元，以村为基本单位，开展系统保健管理。面向全体居民，提供集预防、保健、医疗、康复、健康教育、计划生育技术指导于一体的综合服务。实行全科医疗，全程、全日服务。与家庭签订保健合同，将社区医生的姓名、电话、传呼机号码公布于众，让病人选择医生。对重点人群如60岁以上老年人、0～7岁儿童、孕产妇建档立卡；对高血压、冠心病、脑血管病、糖尿病、哮喘病患者，实行月访视制度；对癌症病人，开展临终关怀服务；对残疾人，每3个月组织一次康复活动。2002年，全县建立社区卫生服务站43处，被确定为“全国社区卫生服务示范基地县”。
农村卫生保健 1989年11月，县政府制定《宁阳县农村实现“2000年人人享有卫生保健”规划目标》。县、乡成立专门领导机构，实行部门分工责任制。1994年县委、县政府制定《宁阳县“2000年人人享有卫生保健”规划目标实施方案》，充实调整宁阳县卫生工作协调委员会。全县上下完善机构，整顿村卫生所，开展健康教育，改水改厕。年底，县、乡政府对卫生事业年度拨款占两级财政支出的7.32％，乡镇合作医疗覆盖率达到55.1％，行政村卫生室覆盖率100％，甲级卫生室覆盖率73.6％，健康教育普及率100％，安全用水普及率77.83％，卫生厕所普及率90.2％（其中公厕53％，居民户37.2％），食品卫生合格率85.9％，儿童“四苗”接种率99％，婴儿死亡率14‰以下，孕产妇死亡率3.1/万，法定报告传染病率99.89/10万以下，地氟病患病率3860/10万以下。1995年1月，山东省评审团对宁阳初级卫生保健进行验收，确认宁阳县已成为初级卫生保健达标县，提前6年实现了“2000年人人享有初级卫生保健”的目标。为巩固初级卫生保健成果，1998年，全县10个乡镇争创“山东省农村人人享有卫生保健规划目标合格乡镇”。至2000年，经市政府组织考评验收，所有乡镇达到“初级卫生保健合格乡镇”标准。
农村卫生“三项”建设 1991年，全县实施“农村卫生三项建设”（乡镇卫生院、县卫生防疫站、县妇幼保健站建设）。至1996年，县卫生防疫站、县妇幼保健站和大部分乡镇卫生院达到“一无、三配套”（无危房，人员、房屋、设备配套）标准要求。1998年，实施乡村卫生机构改貌建设，达到“六配套”（房屋、人员、设备、管理、技术、环境）标准。华丰、伏山、东庄、鹤山、葛石、南驿、西疏等乡镇，采取财政拨一点、单位筹一点、对上争一点、卫生院职工集一点的办法，新建、扩建乡镇卫生院建筑面积3万多平方米。蒋集镇在财政比较困难的情况下，多方筹措资金200万元，建起了4000平方米的门诊楼。华丰镇在完成卫生院门诊楼改造、病房楼和两栋宿舍楼建设后，又积极创造条件，建成急诊楼、药库楼，3年累计投资600余万元。2000年，东庄卫生院自筹资金500万元，完成迁建任务，建筑面积1.1万平方米，创全市乡镇卫生院一流水平。鹤山卫生院筹措资金200万元，完成病房楼和宿舍楼建设。泗店卫生院职工集资100万元，购进B超、脑电图、200毫安X光机、救护车等医疗设备19台（件）。至2002年，全县用于农村卫生“三项”建设专项资金3000多万元，新建、改建业务用房4.89万平方米，购置大中型医疗设备462台（件），新购救护车25辆。有10处乡镇卫生院和312个村卫生所完成了第二轮改貌任务，5处预防接种门诊达到省级示范标准。