1985年后，全县卫生防疫机构贯彻“预防为主”的工作方针，采取措施，控制和消灭各种疾病。1986年12月，计划免疫冷链工作正式运转。1997年11月，宁阳县代表泰安市顺利通过省政府的碘缺乏病考核验收，率先在全省达到消除碘缺乏病的目标。至2002年，境内丝虫病、疟疾病、黑热病、布病、麻风病已基本消灭；鼠疫、霍乱、斑疹、伤寒等已多年未发现病例，大的传染病未暴发流行。
一、防疫机构
1985年，全县除设有3处卫生防疫专业机构外，7处县分院、5处乡镇卫生院均设有防疫股，卫生防疫人员109人。1999年11月，县皮肤病防治站并入县卫生防疫站。2002年，县防疫专业机构减至2处，11处乡镇卫生院和县中医院、县二院设有防保站，共有卫生防疫人员171人。
县卫生防疫站 1985年，县卫生防疫站设防疫科、地方病科、卫生监测科、食品卫生科、宣教科、检验科，有干部职工41人。1991年3月，升格为副局级事业单位。1999年11月，县皮肤病防治站并入。1985年，县皮肤病防治站设在东疏镇孙家集村。1992年7月，在县城北关村征地3.5亩，新建632平方米综合楼一座，新增医疗设备7台（件），固定资产达53万元。是年，开设皮肤病门诊。1999年，有在职职工18人，其中专业技术人员16人。2002年，县防疫站共设18个管理科室、14个业务科室，在职职工106人，其中各类专业技术人员99人。
县结核病防治所 1985年，县结核病防治所有干部职工13人。1986年，县结核病防治所由县卫生防疫站迁至县汽车站南1公里处。1999年3月，迁至县城房地产开发公司院落，新建办公楼。2002年，全所在职职工29人，其中管理人员2人、副主任医师4人、中级职称14人。下设门诊部、督导科、财务科、办公室4个行政科室和诊室、药房、化验、放射、护理5个业务科室，床位6张。
二、传染病防治
1985年后，境内大部分传染病得到有效控制，但也有的传染病小范围季节性流行。1990年春，部分乡镇突发脊灰病人58例，应急强化疫苗接种11.8万人次，使疫情得到有效控制。1994年7月至8月中旬，境内局部突发乙脑病人15例，县政府立即要求卫生部门采取有力措施，控制疫情。对一些未得到控制的传染病，继续采取措施进行防治。至2002年，全县未有传染病突发。
肝炎病防治 20世纪80年代，境内肝炎病时有发生，但都得到有效治疗。进入90年代，注重肝炎病防治的治本工作，对新生儿进行乙肝疫苗接种。2000年，对城镇279例散发病毒性肝炎病例进行个案调查和疫点处理。2001年，开展病毒性肝炎感染情况调查，采集血清83份，送市防疫站检测。
伤寒病防治 1985年，全县发现伤寒病人45例，均得到有效治疗。之后，仍有所散发。每发生1例，卫生部门将病人隔离治疗，同时对病家消毒灭蝇，防止蔓延。至2002年，全县累计发现伤寒病人50例。
麻风病防治 1985年，对362个有过麻风病历的村庄进行全民普查，共普查人口35万人。1986年，采用世界卫生组织推荐的联合治疗方案，对麻风病患者由原来隔离治疗向化学治疗转变，提高了治愈率。至1990年，全县共确诊麻风病患者802人，治愈615人。1990年9月，经考核验收，宁阳县获省政府颁发的基本消灭麻风病证书及奖牌。
结核病防治 1985～1992年，全县发现结核病患者1436人，治愈好转1284人，占新发病人的89.4%。1993年后，县结核病防治所，购置大型精密仪器5台（部）。2002年9月，宁阳县被省卫生厅列为CIDA项目县。至年底，共为2000多结核病人免费提供抗结核病药品价值60多万元，其中95％以上的患者治愈。
性病防治 20世纪60年代初，境内性病（梅毒、淋病等）基本消灭。1992年，成立宁阳县性病防治领导小组，确定县皮肤病防治站为全县性病防治中心。根据《山东省性病防治管理办法》，县皮肤病防治站广泛开展性病防治知识宣传，积极培训乡镇、村医务人员，至2002年共培训3000多人次。同时，县卫生局会同县工商、公安等部门，对从事饮食、服务、宾馆、交通运输、外出采购推销等人员坚持一年一次查体，对查出的性病患者进行正规治疗，建立病历资料档案，并实行性病报告制度。
三、职业病防治
尘肺病是职业病的主要病种。1985～2001年，全县共查出尘肺病人28例，可疑病人69例，其中有3例死亡。对查出的病患者均调离时在工作岗位。2002年，对接触粉尘危害的工人进行职业性健康检查，应查1.03万人，实查8536人，查体率82.8%，其中对688人进行了高千伏拍片。建立职工职业健康监护档案1.22万份，建档率为100%。
四、地方病防治
碘缺乏病防治 宁阳县属碘缺乏地区，由于缺碘引起的甲状腺肿大病在全县分布较广。1985年，甲状腺肿大率为总人口的10％。是年起，全县全面推广食用碘盐。根据食用碘盐效果和甲状腺肿大的患病情况，采取应急措施补服碘油。1994年、1997年，先后对新婚育龄妇女、哺乳期妇女、0～6岁婴幼儿和7～14岁儿童进行碘油普服，补服率96.5％。1997年7月，经市地方病防治专家考核验收，宁阳县达到消除碘缺乏病控制标准。1998年，全县碘盐食用率90％，碘缺乏病知识普及率95％，8～10岁在校学生甲状腺肿大率下降至5％。
地氟病防治 20世纪70年代中后期，境内乡饮乡等地因饮用水含氟量高，导致地氟病发生较为普遍。1985年，乡饮乡积极制定改水降氟计划，并努力实施。1986年9月，除氟改水工程竣工，15个村庄由自来水公司供水。1987年，又有10个村完成除氟改水工程，新建供水点400多个，受益群众1万多人。2001年，对病区3处小学8～12岁年龄段的404名儿童检查，查出氟斑牙患者76名，患病率降至18.8%。
丝虫病防治 患者症状表现是粗腿、鞘膜积液。1983年，境内丝虫病基本被消灭。之后，利用10年时间进行消灭丝虫病效果观察，并在泗店镇8个行政村设立监测点。1992年11月，全省丝虫病监测研讨会在宁阳召开，会议对宁阳县丝虫病防治工作给予充分肯定。2002年，全县未查出阳性病人，达到全国基本消灭丝虫病标准。
出血热病防治 此病属自然疫源性疾病，主要由鼠类传播引发，其症状是发高烧、出血、头疼。1981年，城南公社湖村大队出现首例病人，很快死亡。1984年，全县出血热病患者增加到10例。1985～1986年，出血热病例大幅上升，共发生1541例（多为临床诊断），死亡3例。其中25岁至50岁的男性发病率最高。对此，全县各级调集粮食35万公斤、筹集资金5万多元，每年两次开展集中灭鼠活动。1987年，全县发病患者减至147人。90年代中期，此病又有复发。1995年出现377例，1996年为324例，多为实验室诊断。此后，由于采取经常性的预防措施，出血热病例逐年减少。2002年，仅发生67例，无一例死亡。