1975年，全县农村普遍实行合作医疗，1983年全部停办，1993年后逐步恢复。至1997年，由于种种原因，农村合作医疗覆盖率一直徘徊在20%左右。1998年，重新启动农村合作医疗。县政府与各乡镇政府签订目标责任书，实行目标管理。县卫生局制定《农村合作医疗实施方案》，从各医疗卫生单位抽调100名骨干人员，组成20个合作医疗工作队，分包乡镇，靠上督导。在基金筹集、缴纳和管理上，先由乡镇卫生院与村民签订合作医疗协议书，村民将合作医疗基金统一交到村，再由村交到乡镇卫生院统一管理。是年底，全县农村合作医疗覆盖率达到60%以上。1999年，县卫生局修订《宁阳县合作医疗章程》，合作医疗资金以个人投入为主、村集体适当扶持，每年人均10～20元。各乡镇成立合作医疗管理委员会，乡镇卫生院设立办公室，各村成立合作医疗管理小组，明确专职财务管理人员，对合作医疗资金专户储存。伏山、泗店2个乡镇推行福利风险型社区居民合作医疗、母婴保健保偿和乡村企业职工合作医疗及大病统筹等多形式、多样化的“合作医疗套餐”。至2002年，全县12个乡镇均办起多种形式的合作医疗，行政村覆盖率达90%，农业常住人口覆盖率为70%。