1985年，全县医疗卫生管理体制开始进行一系列改革。1987年，将11处乡镇卫生院划归乡镇政府管理。1988年12月，推行院（站、所、校）长负责制，实行岗位津贴；推行目标管理责任制，层层签订合同，合同目标落实到人；改革乡镇卫生院办医模式，由医疗型改为预防医疗型；改革经费管理和分配制度。1990年后，加强卫生宏观调控管理，调整卫生资源，对新增医疗机构严格审批，对企业卫生机构重新布局审批，对东疏、鹤山、堽城、葛石、蒋集5处中心卫生院的人员、设备进行重点配备，对其他10处一般卫生院加强急诊科和妇产科建设。1999年，优化卫生资源配置，在坚持“四个不变”（社会公益性福利事业单位的性质不变，现行财政投入体制不变，预防保健、救死扶伤的卫生职能不变，各医疗单位的法人主体不变）的原则下，组建以县一院、县中医院、县二院为主体，以乡镇卫生院为重点的宁阳县医疗集团。继续实行院长负责制、绩效工资制、岗位目标责任制、全员聘任合同制、申告制。2002年，对不同级别医疗机构的收费标准给予合理调整，对基本卫生服务价格进行严格控制，对非基本卫生服务价格适当放宽，提高技术性劳务收费标准，降低大型医疗设备检查、治疗费用和药品收入在医疗业务中的比重，实行医疗收支和药品收支分别核算、分别管理。在医疗方面，变坐堂待诊为走进社区服务，变以医疗为中心为以病人为中心，加强医疗专科建设，实行联合办医。对预防保健，变单纯预防型为防治结合型、变封闭型为开放型、变单纯无偿服务为有偿与无偿服务相结合，开设体检门诊、专病查治门诊和病房。是年，全县共建设南驿卫生院脉管炎专科、鹤山卫生院痔瘘专科、东庄卫生院眼科、泗店卫生院精神病专科、葛石卫生院哮喘病专科等小专科11个，满足了当地患者的医疗需求，吸引着周边县市的不少患者前来就诊。