1985年，县教育局设有教育研究室。1989年，乡镇教办成立教研会（后改为教研室）。1991年3月，县教育研究室明确为副局级事业单位。1999年4月，撤销县教育研究室，成立宁阳县教育研究中心，为局级事业单位，隶属教育局管理。
1987年，各学校改传统的注入式教学法为启发式教学法。1988年，在县实验小学和伏山镇中心小学部分年级进行义务教育新一轮教材实验工作，并逐步推广全县。
1989年起，全县实施“科研兴教”战略。1995年，中央教科所“教育规划与政策研究实验基地”落户宁阳，在全国县级教育中属唯一。1996年，县教育研究中心承担的山东省教育科学“八五”规划重点课题“县区农村中小学普及现代教育理论，推广教改成果方法与途径的研究”顺利通过省级专家鉴定，并称该项研究总结出了教育科研成果转化为教学实践的普遍规律，居全省领先地位，达到国内先进水平。1997年9月，全县开辟乡镇学校实验点2个，目标教学实验学校8个，学科教学实验点12个。1999年5月，在全省第二届教育科研工作会议上，宁阳县科研体制创新的经验被誉为“宁阳模式”向全省推广。2002年10月，山东省创新教育评价现场会暨专题研讨会在宁阳举行。同月24日，《中国教育报》以《一场悄悄进行的改革，使山东省宁阳县的小学生喜欢上了考试——自主选择让考试变得可爱了》为题，介绍了该项研究成果。