1985年，全县为县、乡（镇）两级办学的体制。1993年起，开创职业学校联合办学的新路子，县职业中专与县第一人民医院联办医士专业，第三职业高中与山东林业学校联办经济林木专业，县教育局与宁阳卫生进修学校联合办学。1995年，县职工中专与县客运公司联合设立汽车维修专业班，与县农药厂、化工厂及石屯煤矿等企业联合办中专班；县职业中专与临沂经济管理干部学校联合办学；县第三职业高中与县服装厂联合办学。1994年，鼓励社会各界办学，年底全县社会办学校达到10处。其中微机学校1处，缝纫学校2处，其他学校7处。
1995年，开始调整中小学布局，优化教学结构，全县设立初中32处、完全小学99处、简易小学442处。1999年，调整小学布局，按照平原5000人、山区3000人设1处小学的标准，全县设立小学353处。同时，按照“壮大一中、二中，发展四中、五中，改造宁阳师范”的思路，将原宁阳十五中、宁阳七中分别并入宁阳一中、宁阳二中，将宁阳师范改建为实验高中，扩大高中规模。2000年6月，以县第一职业中专为依托，联合县第二职业中专、职业中专、一职高、教师进修学校，成立宁阳县职业教育中心，形成集职业教育、成人教育、师资培训为一体的综合性职业学校。2001年，结合“六三”学制（小学6年、初中3年）改革和乡镇行政区划调整，综合考虑地理环境、交通条件、生源分布、人口出生率和经济发展水平等因素，再次调整乡镇中小学布局。至2002年，全县乡镇形成以中心初中和中心小学为龙头、学区完小为骨干、辐射带动教学点的办学新格局。是年底，全县设小学170处，初中25处。