1984年5月机构改革，县政府设工作部门27个，即县政府办公室、县计划委员会、县经济委员会、县科学技术委员会、县城乡建设环境保护委员会、县计划生育局、县民政局、县公安局、县司法局、县人事局、县劳动局、县财政局、县税务局、县工商行政管理局、县统计局、县物价局、县商业局、县交通局、县农牧局、县林业局、县水利局、县多种经营乡镇企业局、县粮食局、县教育局、县卫生局、县文化局、县广播局；设经济组织8个，即县供销合作社联合社、县物资公司、县外贸公司、县重工业公司、县轻工业公司、县煤炭公司、县电力公司、县农机公司。是年12月，设立县侨务办公室，为局级行政单位，列县政府工作部门序列。1988年3月，设立县监察局，为局级行政单位，列县政府工作部门序列。1988年9月，设立县对外经济贸易委员会，为局级行政单位。1989年4月，设立县环保局，为局级行政单位，列县政府工作部门序列；8月，设立县老龄委员会办公室，为局级行政单位；12月，县史志办升格为局级事业单位。1990年7月，设县经济体制改革委员会，为局级行政单位，列县政府工作部门序列。1991年12月，设立县多种经营办公室，为局级事业单位。1992年4月，设立县经济贸易委员会，为局级行政单位，列县政府工作部门序列；12月，设立县政府教育督导室，为局级事业单位。1993年11月，县编制委员会办公室升格为局级行政单位。
1993年11月机构改革，县政府设工作部门25个，即县政府办公室、县经济贸易委员会、县贸易委员会、县农业委员会、县计划委员会、县城乡建设委员会、县科学技术委员会、县教育委员会、县文化体育委员会、县计划生育委员会、县公安局、县司法局、县民政局、县人事局、县劳动局、县财政局、县税务局、县交通局、县水利局、县卫生局、县审计局、县工商行政管理局、县土地矿产管理局、县统计局、县环境保护局。县监察局为政府工作部门，与县纪律检查委员会合署办公；县农业局、县林业局为局级事业单位，隶属县农业委员会；县乡镇企业局为局级事业单位，隶属县政府。1994年5月，设立县住房制度改革办公室，为局级事业单位。1994年6月，恢复县供销合作社联合社。1994年12月，县贸易委员会改称县财政贸易委员会；设立县重点建设项目办公室、县民族宗教事务办公室，均为局级行政单位；县多种经营办公室恢复为局级事业单位。1995年1月，恢复县信访局，为局级行政单位；恢复县文化局、县体育运动委员会，均为局级行政单位，列县政府工作部门序列。1996年5月，恢复县政府调研室、县经济体制改革委员会办公室，均为局级行政单位；7月，县农业局、县林业局、县技术监督局由局级事业单位改为局级行政单位，列县政府工作部门序列；恢复县粮食局，为局级行政单位，列县政府工作部门序列；设立县物价局、县地质矿产局，为局级行政单位，列县政府工作部门序列。1998年6月，设立山东省（宁阳）种子技术市场管理委员会、县蔬菜局（2001年7月撤销），均为局级事业单位；12月，设立县旅游局，为局级事业单位。1999年8月，设立县政府信息中心，为局级事业单位。2000年5月，设立县招商局，为局级事业单位。2001年7月，县公路局升格为局级事业单位；9月，设立县安全监督管理局，为局级事业单位。2002年8月，设立县政府信用中心，为局级事业单位。
2002年1月机构改革，县政府设工作部门23个，即县政府办公室、县发展计划局、县经济贸易局、县教育局、县科学技术局、县公安局、县民政局、县司法局、县财政局、县人事局（县机构编制委员会办公室与其合署）、县劳动和社会保障局、县国土资源局、县交通局、县水利局、县农业局、县文化体育局、县卫生局、县计划生育局、县审计局、县统计局、县环境保护局、县建设局、县粮食局。县监察局与县纪律检查委员会合署，列县政府工作部门序列，不计县政府机构个数。设事业单位14个，即县行管局、县林业局、县中小企业局、县对外经济贸易局、县招商局、县广电局、县安监局、县旅游局、县公路局、县畜牧局、县农机局、县种子管委会、县就业办公室、县党史史志办公室。设办事机构8个，即县经济体制改革办公室、县财政贸易办公室、县农业办公室、县法制办、县信息中心、县信用中心、县民宗办、县驻京联络处。