1985年，县直各大系统、乡镇设立计划生育办公室，对本系统、本乡镇计划生育工作实施管理。1989年，村设立计划生育办公室，配计划生育专职主任，设置专兼职宣传员、统计员和药具管理员；建立育龄妇女小组，配备小组长。1999年，全县乡镇、村级计划生育工作人员实行竞争上岗，专职主任、药管员工资实行统筹，由乡镇财政所发放。2002年，全县县、乡计划生育专职人员达到350人。是年，全县行政村设立计划生育委员会，配主任1名，委员按行政村总人口多少设置，一般5～7人。
经常性管理 1986年，全县计划生育工作在坚持“三不变”（党政一把手负总责不变、现行生育政策不变、人口计划指标不变），落实“三为主”（宣传教育为主、避孕节育为主、经常性工作为主）的基础上，开展“三抓”（即抓基层打基础、抓后进促平衡、抓管理上水平）、创“三无”（即无早婚早育、无计划外生育、无大月份引产）活动。1987年起，建立健全村级育龄妇女管理制度，做到该生的有计划，不该生的有措施。1988年7月，贯彻落实《山东省计划生育条例》，逐级签订人口计划生育责任合同。1995年，建立计划生育统计台账，实行“一档一簿一板”。所有已婚育龄妇女纳入微机管理。1996年，全县计划生育围绕实现“两个转变”（就计划生育抓计划生育向与经济社会发展紧密结合、采取综合措施解决人口问题转变；由以社会制约为主向逐步建立利益导向和社会制约相结合，宣传教育、综合服务、科学管理相统一的机制转变），把“三结合”（计划生育与发展农村经济相结合、与帮助农民勤劳致富相结合、与建设文明幸福家庭相结合）纳入社会发展的总体规划，纳入领导干部目标责任制，并作为考核各级领导干部政绩的一项重要内容。1998年，全县开展“三清理”（清理瞒漏报出生、清理流动人口计划生育漏管、清理避孕节育措施落实）活动，年底共清出1991年以来的瞒漏报出生1347人。2000年，全县农村计划生育实行村民自治管理，普遍建立计划生育村民自治小组，采取无记名投票方式选举小组长。2001年，围绕“四完善”（即完善依法管理、村民自治、优质服务、政策推动、综合治理的管理体制，完善县指导、乡管理、村负责落实的村民自治的运行机制，完善党政领导部门配合、群众参与、优势互补、齐抓共管的工作机制，完善人口与计划生育的利益导向和社会保障机制）、“三建立”（建立起与市场经济体制相适应的管理服务体系、政策法规体系、科技创新体制）、“两提高”（提高人口与计划生育工作水平、提高群众参与满意程度），改革现行计划生育管理制度，逐步取消一孩生育证，改按照计划生育为符合政策生育，改晚婚晚育一起抓为重点抓晚育，改透环查孕为生殖健康保健服务寓管理与服务之中，改“一环二扎”为推行避孕方法知情选择，改手工资料管理为建立计算机信息管理网络系统。2002年底，对计划生育村民自治村评估验收，全县共评出合格村118个、先进村236个、模范村140个。
流动人口计划生育管理 1986年后，县计生委办理流动人口发证工作。将离开常住户口所在地，跨越乡镇行政区域赴异地务工、经商或者居住，年龄在16～49周岁之间的育龄人员，纳入流动人口计划生育管理，办理全省统一印制的“流动人口计划生育证明”。1995年，成立宁阳县流动人口计划生育办公室，宁阳镇、磁窑镇、华丰镇设立流动人口管理站。各乡镇、村都配有流动人口管理员。2000年起，对跨越县区域以外，年龄在18～49周岁之间的育龄妇女，纳入重点管理。凡是外出（在校生、因公出差、因婚姻关系已纳入现居住地常住人口管理的及住院就医者除外）30日以上者，在常住户口所在乡镇办理“流动人口婚育证明”，村与其分别签订流动人口计划生育合同，按外出省、市、县，分别缴纳300、150、100元的保证金，合同期一般为3年。如合同期内当事人不违约，将本息归还本人。到达现居住地后15日内，由现居住地计划生育管理部门出具已纳入管理的反馈回执。1998年，流动人口计划生育归属地管理，实行单位（法人）负责，条块结合，以块为主、双向管理考核的体制。1999年，推广宁阳镇“抓源头、管流出，抓房主、管房客，抓雇主、管雇工”的办法，堵塞流动人口计划生育管理的漏洞。是年起，将流动人口计划生育管理纳入各级年度目标考核，流动人口发证率、建档率、验证率均达95%以上，2002年，为99%以上。
计划生育重点治理 1990年，宁阳县被列为山东省计划生育重点管理县。对此，县委、县政府曾连续10次召开县委常委会（扩大会）及六大班子联席会议、12次县直部门和乡镇党政“一把手”会议、3次全县万人大会，从主观上找原因，查症结，定措施，下决心治理。县委、县政府与乡镇、县直有关部门党政“一把手”签订人口责任状，对完不成人口控制任务的乡镇党政“一把手”、分工领导和村“四职”干部，一年警告、二年降级、三年免（撤）职。同时，建立健全县、乡（镇）、村三级计划生育网络，完善计划生育队伍，全县直接从事计划生育工作的专、兼职人员达到4379人。组织开展“放心乡（镇）、放心村、放心户”活动。年底，全县人口出生率控制在12.25‰，比市下达的计划标准低4.19个百分点。有152个村达到放心村标准，7.86万户成为放心户。1991年起，坚持党政一把手亲自抓、负总责，县与乡镇、乡镇与村层层签订年度人口目标责任书。目标内容包括当年总人口、人口出生率、自然增长率、晚婚晚育率、计划生育率及考核奖惩办法，年终进行严格考评，奖惩兑现。1992年4月，全县核对户口本、身份证、毕业证、父母与子女，兄弟姐妹之间年龄的逻辑关系，将一部分人的年龄恢复到实际状况，对因把关不严、工作不细，加之其本人骗取的结婚证、准生证一律收回。是年，对完不成年度人口目标的单位和个人实行“一票否决”，对计划生育工作不力的乡镇纳入重点管理。同时，对照目标责任，加强人口计划管理。所有未婚男女青年签订晚婚合同，新婚夫妇签订晚育合同，已生育子女的签订节育措施落实合同。年底，全县人口出生率由1991年的12.25‰降为4.75‰。1993年，全县计划生育率94.7％；晚婚、晚育率分别达到99％和96.9％，转出省重点管理范围。