1986年，国家粮油收购政策由统购统销改为合同定购。1992年，全县放开粮食销价，定量人口供应由统销改为市场调节，结束长达40年的统销历史。1993年，实行粮食承包经营责任制。承包企业实行全员风险抵押，按所负责任大小缴纳风险金。1998年，执行国务院“三项政策、一项改革”（即按保护价敞开收购农民余粮、粮食顺价销售、资金封闭运行，企业进行自身改革）的粮改措施，放开玉米收购市场，按保护价收购小麦；允许粮食加工企业直接进行市场收购。由于政策性影响，粮食收购企业生产经营困难，至2002年，整个粮食系统下岗职工达1000多人。
1993年11月，宁阳县粮食局被撤销，改建宁阳县粮油集团总公司，企业性质。1996年，复建宁阳县粮食局，仍为政府组成部门。