1985年后，供销系统基本沿用定额管理、集体经营、联销联利计酬的经营体制。1992年6月，对5个公司、12个基层社实行“四放开”（经营、价格、用工、分配放开）经营。是年7月，推行“两保、四定、四放权”（保销售额、保上缴利润，定风险抵押金、定库存资金、定人员、定规章制度，经营、价格、用工、分配放权）经营。1993年12月，对边远小门店实行抽本租赁经营和“六自”（自筹资金、自办执照、自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展）经营。随着市场经济体制的建立，供销合作社所属一些企业在竞争中负债累累，亏损严重。至2000年11月，先后有县果品公司、县土产公司、县供销联社贸易公司及县棉麻公司所属东疏棉厂、乡饮棉厂、伏山棉厂等单位依法破产。
2000年初，华联商厦进行产权制度改革试点，采取“双置换”（置换集体资产、置换职工身份）形式，改制为华联商贸有限公司。总股本设置1366万元，其中县社590万元，占43％；县经济开发投资公司776万元，占57％。剥离费用63.8万元，其中职工转换身份补偿费59.29万元。共有职工155人，其中19人买断工龄，解除劳动关系，自谋职业。2001年6月，县社直属企业县土产杂品站改制建立宁阳县鑫源土产杂品有限公司，总股本设置50万元，其中县联社以现金入股25.5万元，占51%；剥离费用202.11万元，其中职工转换身份补偿费用90.72万元。是年8月，宁阳县瑞丰生资有限公司改制，总股本设置666万元，其中县社357万元，占53.6%；农业生产资料公司298万元，占44.7%；王传贤等6名自然人股份11万元，占1.7%。剥离费用75.25万元，其中，职工转换身份补偿费用34.15万元。是年10月，县棉麻公司改制建立宁阳县益群棉麻有限公司，总股本设置543.81万元，其中县社442.11万元，占81.3%；职工持股者协会70.7万元，占13%；自然人31万元，占5.7%。剥离费用520.53万元，其中职工转换身份补偿费用282.47万元。同时，对无净资产的果品公司、再生资源公司、生资公司、县社招待所分别实行“六自经营、离岗挂编”改制。生资公司下属3处经营网点采取“切块搞活”的办法，分别成立具有独立法人资格的民营企业。对专用肥厂和招待所实行整体租赁。2002年5月，贸易公司破产终结，组建诚盛商贸中心，利用原有设施安置部分职工就业，并为自愿申请失业的80多名职工办理失业保险手续，与企业解除劳动关系。