1985年以后，全县商贸流通企业实行改革开放，个体工商业和经济联合体有了很大发展，初步形成多种经济成分、多种经营形式共存，多渠道、少环节的流通体制。1988年，有43家商贸企业推行承包经营，350多家商业、供销零售门店实行租赁经营和全员风险抵押，18家门店实行股份制经营。1992年，全县开展兴商年活动。所有商品取消计划供应，实行市场、经营、价格三放开，打破了主要商品由商品流通部门独家经营的局面。1993年，全县实现社会商品零售总额7.6亿元，比上年增长65.8％。1994年，投入资金7448万元，加强流通设施建设，增加市场交易营业面积15.87万平方米。1997年6月，商贸企业实施资产重组，跨行业、跨所有制组建山东华振、山东华兴2家企业集团。1998年，物资系统买断破产企业原五金公司中心商厦资产，组建凌云物资有限公司，建起全县第一家集购物、娱乐、健身、休闲于一体的超级市场。商业、供销、物资三系统在磁窑的11个下属单位交由磁窑镇管理。2000年，商贸企业经营体制实行做大活小，培植万达百货、晶阳面粉、华联商厦、凌云大厦等龙头企业，中小企业通过联合、兼并、划转、托管、破产重组等形式优化结构，推行公有民营。2001年，全县27家县属商贸流通企业完成以“双置换”为重点的企业制度改革，其中国有集体资本全部退出的17家、控股的3家，共转换职工身份4900人。2002年，全县实现社会消费品零售额20.43亿元。
全县商贸流通行政管理体制不断变化。1988年2月，宁阳县财政贸易委员会成立；1993年11月起，更名为宁阳县贸易委员会，为政府组成部门，行使对原县粮食局、县商业局、县供销社、县物资局的行政管理职能。1994年12月，贸易委员会复称宁阳县财政贸易委员会，不再行使对粮食的行政管理职能。2002年1月，县贸易委员会改为隶属于县政府办公室的办事机构，并更名为宁阳县财政贸易办公室。