1985年起，全县农业行政执法监督工作主要是抓好产地检疫和调运检疫。1986年，进行产地检疫1万多亩，对各种农作物良种调运检疫20万公斤。1988年9月，宁阳县植物检疫站成立。1989年，进行各种植物产地检疫面积6万亩，种子调运31万公斤。2002年，实施产地检疫6.8万亩，调运检疫492批次，检疫货物367.6万公斤。
1994年4月，贯彻落实《山东省农业环境保护条例》，成立县农业环保站，依法开展农业环境监测、农业环境污染事故调解处理等工作。1997年5月，国务院《农药管理条例》颁布实施。县农业局依法行使对农药生产、经营、使用的监督管理和行政执法。1998年3月，县农药监理站成立，具体承担《农药管理条例》赋予的行政执法职能。
1996年5月，设立县种子管理站，与种子经营机构分离，依法加强种子质量监督管理。至1997年，共签发“种子生产许可证”470份、“种子质量合格证”600份，取缔无证经营种子户5户。2000年9月，成立宁阳县种子管理局，依法行使《中华人民共和国种子法》赋予的行政执法管理职能。2001年3月，严肃查处县种子技术交易市场部分种子经营业户销售不合格抗虫棉种而引发的“棉种事件”，对12家非法生产、经营不合格棉种单位分别予以经济处罚。
1997年4月，贯彻《山东省农村能源建设管理规定》，依法查处有关能源问题的违法案件。至2002年，先后查处擅自兴建大型农村能源工程和在田间地头、道路两侧焚烧秸秆的违法案件10多起，并给予警告、罚款处理。
2000年6月，农业部颁布《肥料登记管理办法》，县农业局授权县土壤肥料工作站依法行使全县行政区域内的肥料登记和监督管理工作，查处肥料生产、经营、使用等环节的各类违规违法行为。
2002年，农业执法部门先后8次开展农资集中打假专项活动，检查各类农资业户800多家，查处各类违法案件61起，下发整改通知80份。