1985年后，宁阳县农业行政管理体制几经变化。1986年4月，成立宁阳县农业委员会，协调全县农业管理工作。1993年11月，县农业局、县林业局由行政单位（政府组成部门）改为事业单位。同时，成立宁阳县农业服务总公司、宁阳县林业服务总公司，与农业局、林业局一个机构、两块牌子，隶属于县农业委员会。撤销县农业机械管理局、县畜牧局，成立宁阳县农业机械服务总公司、宁阳县牧工商服务总公司，为局级事业单位，隶属县农业委员会。县农业委员会职能明确包括农、林、牧和农机行政管理工作，为政府组成部门。1996年7月，县农业局、县林业局由事业单位改为行政单位。1997年11月，县农业机械服务总公司、牧工商服务总公司，兼挂“宁阳县农业机械管理局”、“宁阳县畜牧局”牌子。2002年1月，宁阳县林业局改为事业单位；宁阳县农业委员会改为隶属于县政府办公室的内部机构，并更名为宁阳县农业办公室，协调全县农业管理工作。
1998年6月，建立宁阳县疏菜局（与宁阳县疏菜总公司一个机构，两块牌子，局级事业单位）行使全县蔬菜管理职能。2001年7月，县疏菜局被撤消，其职能并入农业局。
至2002年，宁阳县水利行政管理职能由县水利局行使。