水政管理 1990年8月，县水利水产局设立水政科。1998年，成立宁阳县水政监察大队，编制18人。水政监察大队长由副局长担任，下设水政科、大队办公室、征收科，行使行政执法职能。2002年7月15日，县政府批准县水务局保留审批事项12项、保留核准事项2项、保留审核事项7项。至是年底，共调处水事纠纷10起，查处水事违法案件20起。特别在河道工程维护管理费征收方面，申请法院强制执行案件3起，挽回经济损失40万元。
水利工程管理 1985年，县水利水产局设工程管理股，加强水利工程管理；调整充实贤村水库、直界水库、月牙河水库、大汶河管理段及东西引汶工程管理人员，加强乡镇水利水产站的领导和技术力量，在全县范围内实行多种形式的水利工程管理责任制。国有及较大型水利工程分别由县西引汶灌溉工程管理所、县东引汶灌溉工程管理所、县贤村水库工程管理所、县直界水库工程管理所、县大汶河管理段（均为副局级事业单位）统一管理。在河道大堤、主要灌溉渠道、水利建筑物和灌溉水费收缴、河沙管理等方面实行定岗、定责、定奖惩的管理责任制。单位内部按行业分别实行大包干、利润分成、浮动工资等管理办法。小（一）型水库由所在乡镇统一管理，统一放水，统一收费，统一组织防汛。小（二）型水库、塘坝、扬水站、灌溉渠道和机井等小型水利工程，实行承包、拍卖等形式的管理体制。1998年，县政府制定《关于改革小型农田水利设施建设和管理使用制度的意见》，对境内小型水利设施进行承包、租赁、拍卖。是年，南驿镇北刘村拍卖4座塘坝，郭家庄拍卖塘坝9座、机井2眼。石集镇通过拍卖、租赁、股份合作、户办、联户办等形式，对小型农田水利设施进行改制。全县水利设施实行“谁投资、谁建设、谁管理、谁所有”的政策，鼓励农民个人兴建小型水利工程。
水资源管理 1985年12月，建立宁阳县水资源管理委员会办公室。1987年，县政府印发《宁阳县水利工程水费征收和管理办法》。1988年，《中华人们共和国水法》颁布实施，全县对水资源实行统一规划、统一调度、统一发放取水许可证、统一征收水资源费、统一管理水质水量的“五统一”管理办法。用水户安装水表，实行计量，水费标准按省、市人民政府规定收取。1993年，县水资源管理委员会办公室改名为宁阳县水资源管理办公室，主要职能是进行水资源调查评估，推广节水技术，防止和治理水资源污染等。是年，编制《宁阳县地下水资源中长期供求计划》。1996年，编制《宁阳县地下水资源开发利用规划》。2002年，开展“宁阳县水资源保护研究”工作。
水利经费管理 1985～2002年，全县共投入水利建设资金3.95亿元。其中，县财政水利预算经费投入4000万元，中央及省、市预算水利经费投入4000万元，上级水利部门投入资金1000万元，各乡镇、行政村和农民集资（投劳）3亿元，国营工程管理单位投资500万元。对水利经费管理，严格执行国家有关法律法规，建设项目报经国家批准后，经费下发到各级财政。各级财政将资金按工程计划拨给水利主管部门，根据施工进度支付给施工单位，每项工程均实行决算和审计制度。
水土保持监督管理 1996年10月，县政府制定《宁阳县水土保持监督管理办法》。县计委、县环保局、县水利局联合制定《关于加强开发建设项目水土保持方案审批管理的规定》，对强化水保监督、落实方案审批提出要求。2000年，设立宁阳县水土保持监督管理站和宁阳县水土保持监督执法中队，配备专职人员，执法持证上岗。至2002年，共审批水土保持方案报告书3份、方案报告表64份。收缴水土保持设施补偿费、水土流失防治费共计98万元。