1985年后，全县把水利工程维修加固，挖潜配套，加强管理，提高效益作为主要内容。国有水利工程落实定岗、定责、定奖惩管理责任制，走以水养水、自求发展的路子；小型水利工程以承包、租赁、拍卖等形式，推行水利工程产权制度改革。1987年后，开始对大汶河重点防洪工程进行维修加固。使防洪能力提高到7000立方米/秒。同时，大搞冬春农田水利基本建设，东部山丘区以治水为主开展岭地综合治理开发，西部平原区以挖潜改造为主，扩大引汶灌溉面积。1990年后，以小流域治理为重点，加强水土保持工作，苗河、石集河被列为国家和省治理项目。至2002年，全县共投入水利建设经费4亿元，完成土石方1.2亿立方米，投入工日1.1亿个，治理水土流失面积328平方公里。
2002年6月，县水利局更名为宁阳县水务局，实行水务一体化管理。