2003年，泰山区财政局机关内设13个职能科室：办公室、人事教育科、预算科（挂国库科、法规税政科牌子）、行政政法科（挂教科文科牌子）、农业科、农业税收管理科、会计管理局、财政监督局、社会保障科、债务金融科、企业科、统计评价科、经济建设科，下设1个一级全额事业单位：泰山区住房管理中心；3个二级全额事业单位：泰山区国有资产管理局、泰山区收费管理局、泰山区政府采购中心。辖区内共有岱庙、财源、泰前、上高、徐家楼、大津口、省庄、邱家店8个财政所。全区财政系统共有机关干部96人，其中区局机关41人，处镇财政所56人。
2003年11月，成立农业税征收管理局，为一级全额事业单位。是年，区住房公积金管理中心划归市级管理。2006年5月，成立泰山区政府投融资管理中心，为一级全额事业单位，2006年12月，成立泰山区国库集中支付中心，为二级全额事业单位。
2007年底，泰山区财政局设立有办公室（内设调查研究科、人事教育科）、预算科、国库科、社保科、经济建设科、农业科、行政政法科、教科文科、税政科、企业科、债务金融科、农税局、投融资管理中心、监督局、国资局、会计局、政府采购中心等17个单位、科室。其中，一级事业单位3个，二级事业单位4个。全局人员编制63人。其中，行政编制19人，事业编制39人，企业编制5人。人员中大学文化53人，大专文化6人，高中及中专文化4人；辖区内共有5个办事处财政管理中心（财源、岱庙、泰前、上高、徐家楼），2个镇财政管理中心（省庄、邱家店），1个二级财政局（泰山工业园区财政局），共有人员45人。