2003年以来，区畜牧局建有畜牧兽医站，各处乡镇兽医站设有门诊部，并配备有医疗、化验设备，实行畜禽入、出境检疫及肉品检疫、检验。2007年底，全区的畜、禽防疫密度分别达到98％、95％以上，羊传染胸膜肺炎已基本消除，马腺疫、牛结核、牛羊疥、牛流行性热病、猪肺疫、猪水肿、猪水泡病、猪胃肠炎、仔猪副伤寒等已基本得到控制。但猪瘟、猪丹毒、鸡瘟、禽霍乱、兔瘟5种病仍时有发生。
猪瘟猪瘟是由猪瘟病毒引起的一种高度传染性疾病，在区内时有发生。经常年防疫、合作防治，开展生猪检疫和肉品检疫、检验，未出现大面积流行。
猪丹毒是由猪丹毒杆菌引起的一种急性败血型和疹块型传染病。多发生在一年内的猪，夏季多发，有时会突然死亡。近年来，预防措施加强，基本得到控制。
鸡瘟鸡瘟即鸡新城疫病，是一种急烈性的病毒传染病。2003年以来，由于防疫密度由90％提高到2007年的98％，此病基本得到控制。
禽霍乱是一种禽类共患病，发病急，病程短，并相互传染。此病冬、春多发，多因病菌对场地‘用具污染和潮湿、拥挤、营养不良等因素诱发。1985年后，此病已得控制。
兔瘟是兔瘟病毒引起的一种急性高度传染性、发热性、败血性传染病。发病率和死亡率高。该病1984年2月 江苏省首次发现，同年秋季传入境内，在邱家店等地流行，对养兔业造成严重损失。1988年以来，通过注射兔瘟灭活疫苗，该病基本得到控制。