1912～1927年，邱家店系晋化区。1928年后称第五区，辖7个乡，分别是栗林乡、孙逯乡、曲口乡、郭庄乡、颜张乡和旧县乡。1949年，新中国成立后为泰安县第九区，辖李家庄、栗林、曲口店、王庄、郭庄、孙逯、王林坡、灌庄、苑庄、十里河、羊楼、回民、柳杭等。1955年，由第九区改为邱家店区。1958年，泰安县撤区并乡，邱家店区改为邱家店乡和渐汶河乡。同年9月，邱家店、渐汶河两乡合并组成东风人民公社。1960年，东风人民公社与东岳人民公社合并称为邱家店人民公社。1962年，泰安县将1960年并入的东岳人民公社划出，保留邱家店人民公社，辖6个管理区，39个大队，384个生产小队。1985年，建区时邱家店人民公社改称邱家店办事处，下设三乡一镇：邱家店镇、后旧县乡、渐汶河乡、燕家庄乡，办事处辖44个行政村，后改为邱家店镇。1999年6月17日由泰安市郊区（岱岳区）划归泰山区。