境内现存活的古树名木大多集中在孟庙院内外。种类很多，以桧柏、银杏、古槐为代表。1990年详查存活430株，栽植历史大多在900年左右，至今仍枝干挺拔、苍郁茂盛。松、桧和侧柏冬夏长青、形状别致各异。还有满冠绿面白背叶子的参天老白杨树，木质纤细的老金楸树等。尤其古柏抱槐、藤系银杏、洞槐望月、桧寓枸杞被誉为“古树四奇”。
古柏抱槐 在孟庙东侧“知言门”外，沿庙墙栽柏、桧一行45株，参天拔地，十分壮观。其最南端的一株即是国内罕见的“柏抱槐”，树干周径4.6米，高13.8米，树冠直径12.3米。其外为古柏树，一株古槐（中国家槐）生长在柏树干中，两树已长为一体，西南向有裂缝。至今仍枝叶交错，蔚然茂盛。据国内植物专家考证：这株古柏抱槐栽种于元代，已有700余年。是国内罕有的双树寄生的奇特景观。
藤系银杏 栽种于元代，至今700余年。在孟庙致严堂前，银杏雌雄各1株，左为雌株，右为雄株，枝干挺拔。下有古藤3株枝干粗壮，直径40余厘米，相互缠绕，如虬龙百折，逶迤起伏腾空而起。每年春季藤花盛开，如紫玉串串，别有情趣。初冬银杏果实累累，扇形树叶呈米黄色，装扮得孟庙古朴幽雅。
桧寓拘杞 在孟庙寝殿前甬道露台上有3株古柏，孟氏志书记栽种于北宋宣和年间，是孟庙内最古老的树木之一。其中寝殿右侧1株古桧树，造型奇特。树顶干枝造型为“鹿回头”（林默涵语）。在树干洞穴内长年寄生数株枸杞树，枝繁叶茂，夏秋之际红果累累，迎风摇曳，妙趣横生。
洞槐望月 在孟庙西侧“焚帛池”院内。是一株古槐斜倚在孟庙西墙之上，树干已枯朽，仅树皮存活。经测量，原树径在6米以上。在古槐树皮上又生长出新的树干，高大茂盛。树皮顶端与干相接处长成直径1米的园洞，月夜观察，明月从洞中透出，富有古雅奇趣。据有关专家考证，此槐树最早栽种于唐代，较孟庙历史还长。