中草药资源 清康熙十二年（1673年）所修《邹县志》中，收载邹县境内产中草药材131种。1919年出版的《山东省各县乡土调查录》中，记载邹县“特别出产”中草药材10数种，又以川香附为最多。
1961年、1964年、1975年、1976年，邹县先后对药材重点产区进行4次调查，共查出中药材270种。1985年3月至1986年9月，邹县又进行了地产中药材系统普查，共查出340种。到1992年分析，邹县有天然野生为主的中草药材301种，人工种植的一般中草药材35种，人工种植的特产中草药材4种，其中猪牙皂为特产之特产，看庄、香城、太平、匡庄4乡镇的1.8万株猪牙皂树，年总产1.75万公斤，占全国总需求量的四分之一。在340种中草药材中，植物药材312种，分属77科；动物药材25种，分属24科；矿物药材3种。
中草药加工炮制 饮片加工炮制 清嘉庆二十五年（1820年），山头村中医孟传德在县城西门里开设宝仁堂药店，运用传统手工操作，吸收部分外地经验和先进工艺技术进行饮片加工炮制，所制熟地用铜锅木笼九蒸九晒，后拌入砂仁粉和黄酒，药力醇厚。民国初期，县城内怀德堂、德元堂、万顺堂等药店，为与同行竞争，饮片加工炮制的质量要求甚高。建国初期，邹县各医药单位常年经销、使用的中草药材520种左右，饮片加工炮制仍沿袭建国前的传统手法。1958年，县药材公司开始使用手摇式切片机。到六十年代，手工饮片加工逐步被机械加工取代。1983年，县药材公司使用炒药机炒药。依照《山东省中草药炮制操作规范》，对应炒饮片均炒后出售。1984年，使用电动刨床对苏木、降香、檀香等木质药材刨花出售。用高速微型粉碎机对田三七、羚羊角、犀牛角打成细粉出售。1985年6月，对龙骨、牡砺、赫石、石膏、瓦楞子用粉碎机粉碎后出售。1992年，邹城市药材公司加工中草药100多个品种，10余万公斤。
膏丹丸散制备 清咸丰十年（1860年），县城宝仁堂发展为前店后厂规模的药店，有制药工人7名，自制膏丹丸散100余种，其中光明眼药、梅花点舌丹、健步虎潜丸、神效疟疾丸、牛黄镇惊丸等成药，享誉全县城乡。清光绪二十六年（1900年）至民国初，邹县境内相继有20余家中药店堂开业，制备中药膏丹丸散120多个品种，其中有补益、理气、理血、脾胃、咳嗽、痰喘、调经、胎前、产后、幼儿、痘疹等方剂。1938年1月，日本侵略军侵占邹县城后，中药店堂纷纷关闭。至建国初，邹县制备膏丹丸散仅20余种。1958年底，在“自力更生，大办土药厂”的号召下，全县各公社卫生院建立起土药厂，自制膏丹丸散达56个品种。但因上马盲目，缺乏计划，多数药品长期积压，霉变不能使用。1965年9月，济宁地区卫生局、药品检验所进行药品质量检查，把不符合药品质量的膏丹丸散全部销毁。1970年7月，各级提倡“大办合作医疗，大搞中草药，大办土药厂”，各公社卫生院和大队卫生室开展“三土”（土方、土法、土药），“四自”（自种、自采、自制、自用），自制品种83个，至1974年，县人民医院，县分院除自制膏丹丸散外，还能自制大青叶、柴胡、复方丹参注射液和部分酊剂、片剂等品种96个。有的大队卫生室也能自制少量中草药针剂，但大部分不符合质量要求。1978年，对中草药制剂进行整顿，自制膏丹丸散活动逐步停止。
西药传入 清光绪十六年（1890年），德国天主教会在邹县开设安多诊所，西药开始传入邹县并用于医疗。清光绪十八年（1892年），美国人在邹县城关、东滩、两下店建立基督教堂，部分教徒在教会影响下，习医并经营西药。清光绪二十二年（1896年），张清芬在两下店街里开设太平诊所，西药在邹县乡村使用增多。1920年以后开办的灵泉药房、和仁药房经售西药。此后，相继开办的东光诊所、福音诊所、鸿济医所，灵恩医院，均以医带售西药。西药传入邹县之始，品种很少。至四十年代中期，传入邹县的西药主要有硫酸镁、山道年、甘汞、阿斯匹林、红汞、碘酒、雷夫奴儿、依克度等40余种。四十年代末才有盘尼西林传入邹县。
医院西药制剂 1957年前，县医院西药制剂仅限于配制一些简单的内服药，品种10至20种。1957年9月，县人民医院自制5%、10%葡萄糖注射液，0.9%氯化钠注射液、林格氏液等，并自制部分普通制剂。因设备简陋，不具备自制大输液条件，至1962年7月停止生产。1970年，实行“大办土药厂”，县人民医院、各公社卫生院和部分大队卫生室恢复或建立制剂室，自制5%、10%葡萄糖注射液、0.9%氯化钠注射液、5%碳酸氢钠注射液、灭菌用水和部分小针剂。普通制剂室自制常用酊水合剂、软膏等20多个品种。用打片机自制土霉素片剂等，均为各医院自制自用。1978年，县卫生局对全县制剂工作进行整顿。年底，生产大队制剂室全部下马。1985年，按照《药品管理法》和国家卫生部《医院制剂工作条例》要求，全县停办16处区医院制剂室。同年11月，山东省卫生厅颁发给邹县人民医院灭菌制剂和普通制剂生产许可证书。1987年，城前、太平2处县分院又获山东省卫生厅颁发的灭菌制剂和普通制剂生产许可证书。其灭菌制剂除自用外，还在邹县境内的各医疗单位之间调剂使用。至1992年，邹城市人民医院、第二人民医院（原城前分院）2处制剂室达到国家部颁标准。