清代前期，邹县有尼山书院、子思书院、近圣书院、三迁书院。其中尼山书院和子思书院是全国知名的书院，到清末只存遗址。
尼山书院 位于尼山东麓。宋庆历三年（1043年）重修孔子庙时新建书院。书院内设有讲堂、学舍。元至顺三年（1332年）重修。元至元三年（1337年）又着手扩建，座落在孔子庙西，模仿国子监格局建成。明嘉靖四年（1525年）的《新修邹县志》记载尼山书院已年久废毁。今位于孔子庙东北隅的书院旧址是明、清两代重新修建的，并已划归曲阜市。
子思书院 也称中庸书院，古称中庸精舍。位于当时邹县城外东南角因利沟旁。始建于元贞元元年（1295年），名中庸精舍。元大德元年（1297年）进行扩建后改称子思书院。子思书院是国家派学官管理的官办书院。元末至正年间，邹县知县司居敬曾在此书院内创建孟母断机堂及曝书台。明天启二年（1622年），子思书院与子思祠俱毁于火灾，后没再修复。
近圣书院 是清乾隆年间始建的官立书院。原设在邹县城内西北角义学的旧址上，清道光年间迁于邹县城内东北角。清咸丰八年（1858年），邹县知县林士琦重修，并扩大了规模，新建起考棚。民国年间逐渐废毁。
三迁书院 是道光年间亚圣府世袭博士孟广钧创办的私立书院。院址在亚圣府西，专招收孟氏子弟及孟氏亲友中家境贫寒、无力交学费求学的子弟学习。其性质和义学相似。