1941年4月，邹县公安局开始进行剿匪反特工作。1942年初，抓获持枪投敌分子1人。1943年，处决叛徒1人。同年破获以齐××、杜××为首的反革命组织“新民会”和以朱×、左×为首的特务组织。1946年，侦破抓获潜伏在邹县城内的三青团骨干分子并收缴其携带的有关文件。是年9月28日，活捉潜伏在邹县的特务司令、小队长和1名特务分子，缴获长短枪各1支、轻机枪1挺。同年11月19日，会同邹县独立团联合清剿盘踞峄山多年的土匪李兴泉（绰号李老八）部，击毙匪徒80余人，俘虏50余人，缴获长、短枪60余支。1949年1月，击溃一伙土匪，活捉其头目。
1959年8月，邹县开始清理特务组织，至1963年11月结束。全县先后清查出日本特务组织7个，即：邹县宪兵队经济系、邹县分遣队特务班、邹县宪兵队匡庄情报组、邹县剿共特务队、邹县1480特务组、警备大队情报所、剿共委员会；清查出国民党特务组织10个，即：鲁西工作三团邹县办事处、刘召庚部谍报队、24军邹县情报组、峄山秘密据点、鲁南工作团、邹县县室、警察局督察室等。全县共清查出特务分子211人、特务嫌疑分子165人，其中挖出了隐藏很深血债累累的特务分子14名。军统特务张某，1941年任国民党邹县党部书记长期间，曾主持杀害邹县赴抗日军政大学学习的学生8人。中统邹县县室主任李仁甫，1947年与国民党邹县县长巩振寰共谋，先后9次杀害革命干部及其家属180余人。根据其罪恶大小、情节轻重和认罪态度，依照政策规定，分别予以处理。
镇压反革命 1945年10月，邹县第一次解放后，中共邹县县委和邹县人民政府在全县深入开展反奸诉苦运动，发动群众控诉汉奸特务和土豪劣绅的罪行，同时实行减租减息，依据政策没收地主霸占的土地。1947年2月，国民党反动派在重点进攻山东解放区时占领邹县县城，尔后土豪劣绅、还乡团分子、反革命分子卷土重来，对人民群众实行疯狂的报复，残酷杀害革命干部和群众2000余人。1948年6月，邹县第二次解放后，他们不甘心失败，仍猖狂进行反革命破坏活动。
1950年10月，中共中央发布“关于镇压反革命活动的指示”。是月中旬，邹县大张旗鼓地开展镇压反革命运动。运动分为3个阶段进行：1950年10月中旬至1951年2月，结合土地改革，充分发动群众；1951年3月至5月，结合宣传贯彻“中华人民共和国惩治反革命条例”，斗争土豪劣绅，检举揭发反革命分子；1951年6月至10月，贯彻全国第三次公安会议决议，清理积案，发动群众建立治保组织。在镇反运动中，对全县揭发出的各类反革命分子，经查证核实，依法予以判处死刑、死缓、有期徒刑、缓刑、管制和宽释等处理。
邹县地处津浦铁路沿线，加之日本侵略军和国民党反动派统治时间较长，情况比较复杂，虽经镇反清理，但仍有漏网的反革命分子。同时，反动道会门的活动也很猖獗，并与漏网的反革命分子相呼应，猖狂进行反革命破坏活动。鉴此情况，根据中央和山东省委、济宁地委指示，1955年邹县又开展为时1年的社会“镇反”运动，先后逮捕处理了一批历史反革命分子和新生反革命分子。
取缔反动道会门 建国前，邹县共有反动道会门组织19个，有大小道首和骨干分子322名、道徒9500余名。 一贯道 1920年，由济宁传入邹县。该道利用驾乩扶銮、超度亡灵和参神等迷信活动蒙骗群众，发展道徒。至建国初，该道波及邹县境内139个村庄，建佛堂口50余处，发展道徒近6000人。1954年，道首陈维常定国号为“长胜国”、定国旗为“日月长胜旗”，并封了“娘娘”和“元帅”，企图推翻共产党登基做皇帝。1954年，对该道予以取缔，并依法判处陈维常死刑。 无极道 1920年前由嘉祥县传入邹县。大佛堂始设于邹县郭里区爷娘庙内。尔后，邹县、郭里、石墙、太平、看庄等区相继成立起无极道组织，发展道徒1000余人。1938年春，国民党顽固派利用该道制造了邹县历史上有名的“南亢阜事件”。1953年夏，该道在邹县城东土旺村秘密活动，组建起反革命组织“一冲两党”，并联合曲阜、泗水2县反动组织，阴谋进行反革命暴乱。是年12月，在济宁专署公安处专案组统一指挥下，曲阜、泗水、邹县同时行动，一举将该道取缔，并将道首李文忠判处死刑。 中央道 原系“圣贤道”，1911年，其分支改为“中央道”，又名“中央慈善道德会”，在邹县境内称“善道”、“善教学场”、“天正教”、“家帮善教”等。该道利用多种手段，制造战争恐怖，散布“三阳遭劫”、“猪年就出现真龙天子”等流言蜚语蛊惑人心，煽动群众反对共产党。1961年将该道侦破取缔，道首被依法判刑。 天兵弟子军 该道为一贯道的残余组织，道首王会志及部分道徒常住并活动在邹县石墙一带，涉及山东、安徽2省的8个县、22个区（乡、镇）、130个村庄，有道徒1510人。该组织制造谣言，煽动迷惑群众，进行反革命活动，同时采取卑鄙手段诈骗道徒钱财，奸污妇女20余人。1983年4月，邹县公安局予以侦破取缔，道首王会志被依法判处死刑。
另外，建国前邹县境内的圣贤道、皈一道、黄经道、五仙坛、万国道德会、鸿福道、三番子、先天道、西华堂、世界万字会、眼光道、全光道、离门道、佛教居士林等反动道会门组织，均于建国初被取缔。