境内使用有机肥包括农家肥、秸杆、沼气肥、绿肥及其他各种杂肥。
农家肥 主要有人粪尿、圈肥、饼肥、沤制绿肥、土杂肥等。人粪尿多和圈肥混在一起，属迟效肥料，一般用作底肥。饼肥，即豆饼、花生饼、棉籽饼属优质肥料，但肥效慢，多作底肥深施。沤制绿肥，在夏季将秸秆、杂草、泥土等掺入人粪尿或污水堆积密封，经高温发酵而成，用作基肥。土杂肥，即坑泥、河泥、草木灰、炕土、老房土、垃圾等，肥效较低，多做底肥。1956年，全县广泛开展积造肥运动，形成了挖坑土、起街土、翻厕所、沤绿肥为中心的积肥高潮。人民公社化后，推行集体积肥和社员家庭积肥两条腿走路的积肥法。1964年，全县推广城关公社小马青大队两库(大粪库、干灰库)、一池(尿池)、三坑(牛粪坑、猪圈坑、沤肥坑)积肥经验，达到猪有圈、羊有栏、人有厕所。70年代推行黄屯公社廿里铺大队和小孟公社沙窝大队的卫生积肥、养猪积肥的经验，要求据地方大小，每50～100亩地建一个积肥池，保证每年亩施土杂肥3方以上，但积肥质量不高。1978年中共十一届三中全会以后，全县推行土地家庭联产承包责任制，规定土地的承包期15年不变，调动了群众积肥造肥的积极性，投施农家肥的数量及质量都有一定提高，全县土壤有机质一直维持在1.0%左右，土壤肥力明显提高。
秸秆 1976年开始在黄屯公社廿里铺进行秸秆还田试验，1979年全县秸秆还田面积10万亩。1982年，兖州县土肥站与中国土肥所配合开展了秸秆还田方式、数量以及还田后有机质积累变化的试验研究，1983年8月，中央农业部农业电影制片厂来兖州摄制秸秆还田的现场资料片。1988年省农业厅在兖州召开玉米播种现场会，县农业局作了秸秆还田的经验介绍。1981～1989年间，全县累计秸秆还田345万亩。这项技术的推广应用，1988年获济宁市科委科技进步三等奖。秸秆还田，至今沿用。
沼气肥 1977年开始沼气生产，并在谷村和小孟试点。至1980年，全县共建沼气池6500个，产气利用5000个，建成25个沼气化大队。一个沼气池一年可出沼气水466公斤，产沼气渣2立方米。城郊公社马桥大队，建池177个，1980年使用沼气节省商品肥开支6000元，比1979年增产粮食59034.5公斤。由于沼气池管理不善等原因，1984年全县停止使用。
绿肥 1962年开始种植绿肥作物。1974年在新驿公社孙村大队作了18亩“两粮两肥”压青试验，全县推广绿肥面积200亩。1978年，夏播20.6万亩，绿肥压青19.4万亩，留种1.2万亩。全县种植的绿肥品种有绿豆、芝麻、毛叶苕子；1975年冬季引进草木樨，1976年引进田菁、柽麻；1978年引进箭舌豌豆；1984年以后全县种植面积很少，已不作统计。
境内施用的化学肥料主要有4种：
氮肥 抗日战争时期，个别村庄施用从日本进口的化肥。1950年开始在大田应用化肥，全县用量只有0.2吨，品种为硫酸铵。60年代推广应用了氯化铵、硝酸铵等氮素化肥。70年代，碳酸氢铵和氨水在全县推广。初施基肥以碳铵为主，追肥逐渐由碳酸氢铵为主转为以尿素为主。1990年，尿素化肥平均亩施76.9公斤。1995年，平均亩施尿素达到100公斤。
磷肥 60年代初期，磷肥(过磷酸钙)始在境内施用。兖州县与济宁市农科所，在黄屯公社30个生产大队8000亩土地不同作物上进行了试验推广，都表现较大的增产作用；并且磷肥后劲很大，群众说磷肥是“肥三代”的好肥料。70年代全县磷肥施用有了较大突破，亩施磷肥数量达35～40公斤，施用的时间多在秋种时铺底，并总结出撒垡头的施肥方法。80年代前期磷肥的施用量较70年代为少，全县出现了土地缺磷现象。1988年，大安镇政府采取群众购买磷肥半价补贴办法，鼓励群众增施磷肥；1989年，县乡两级政府共拿出120万元扶持群众购买磷肥。每斤磷肥(过磷酸钙)补助0.04元，年亩施磷肥26.4公斤。较1986～1988年亩施肥12.4公斤，增施14公斤。此后几年，磷肥(不含复合肥)的施用量下降，1995年亩施10公斤左右。
复合肥 境内施用的复合肥品种有磷酸二铵、磷酸一铵及其他复合肥。70年代开始使用，80年代在全县应用比较普遍，特别是磷肥二铵的应用更广泛。1986年，全县平均亩施复合肥7.4公斤，1987年5公斤，1988年15.4公斤。1995年全市平均亩施复合肥15公斤。
微肥 1963年开始应用微肥。推广较普遍的微肥品种是硫酸锌，其主要用法是作基肥，1983年全县大面积施用。1995年全市销售锌肥、铁肥32吨，施用面积32万亩。
细菌肥料 60年代开始应用，主要有大豆根瘤菌、5406菌、920、磷细菌、增产菌等。
1965年，山东省农科院土壤肥料研究所与县农业局合作，全县1场(良种场)10社进行了大豆根瘤菌的试验研究工作。当年全县推广大豆根瘤菌接种1058亩，增产大豆10738.5公斤。1970年春全县开展生产、使用农业微生物的群众性科学实验活动，县建立了农业微生物领导班子。1970年全县生产和使用“920”的单位有266处，共生产成品5825公斤，使用面积1.3万亩，秋种时有187个大队生产5406菌肥，数量达280万斤，使用面积1万亩左右。1971年秋，县为推广5406菌肥，先后在谷村、大安、王因3处公社召开现场会，同时县、社多次举办应用微生物培训班，培训3000多人次。1972年，微生物的应用列为全县农业过《纲要》的一项重要措施。细菌肥料的生产和使用一直持续到70年代中后期。80年代后期及90年代初又推广了增产菌。