1949年3月，县人民政府设立建设科，组织恢复发展农业生产。1954年，设农业技术推广站，隶属县建设科。1956年1月，建设科撤销，设立农业科。1956年7月农业科改为农业局，负责农业、畜牧业及渔业工作。1958年3月，农业局撤销，设立农林局。
1958年11月，曲阜、滋阳两县合并，成立曲阜县农林水利部，1959年7月成立农业局。1962年1月，曲、滋分治，设立兖州县农林局，1963年12月撤销农林局，设立农业局。
“文化大革命”开始，农业局处于瘫痪状态。1969年2月成立农林水电站革命委员会，下设农业组、林业组、水利组、机电组、畜牧组。1971年12月设立农林局，1974年11月撤销，设立农业局。
1984年5月，撤销农业局，成立农牧渔业局，1989年3月，撤销农牧渔业局，设立农业局。1993年12月机构改革，农业局改为农业技术服务中心。1995年9月撤销农业技术服务中心，设立农业局。农业局设有办公室、人秘股、计财股、老干(部)股、综合股5个股(室)，下辖农业技术中心、种子站、农广校、农技站、土肥站、蔬菜站、农业环保站、棉技站、植保站、水产站、农经站、农村能源站、农科所、良种场、鱼种场15个单位。