境内中医历史悠久。王因原始社会遗址出土文物中即有用于治疗疾病的砭石、骨针。明万历年间，鲁王府御医徐郎中制成专治眼疾的“清宁丸”，有特效，鲁王亲赐“壶天再世”匾额予以褒奖。清代，康熙年间的宋国泰，乾隆年间的郑燮，嘉庆年间的苗心贵父子，同治年间的魏纵如，同治、光绪年间的禚晋臣等中医，医术高超，在民间有较高信誉。1862年(清同治元年)禚晋臣、夏景禹等5姓合股在中御桥南路西开设天德堂药铺，设坐堂中医。除销售中药材外，还加工炮制多种膏、丹、丸、散等中成药。清末民国年间，城内先后增设增益堂、慎德堂、时济堂、大德堂、仁德堂、同仁堂、广济堂、广育堂、桐村堂、寿春堂、大生堂、济生堂等诸多中医药堂铺，大都设有坐堂先生。王玉生、孙建洛、殷海云、郑雨春、赵鹤云、魏广旭、李振文、冯尊章等较有名气，他们在家行医或到中药店当坐堂先生。1947年(民国36年)滋阳县中医师公会成立，并制订公会组织章程、同人公约等。1949年前，在农村的五圣堂、翟村、安丘府、大安、前后官庄、袁庄、屯头、王因等村设有较大的中医药铺，其他村庄有47家较小的中医药铺。全县有100余名中医在农村行医。
建国后，城乡中医药堂铺先后加入联合诊所或联合保健站。1956年建公私合营滋阳县国药合营药店。1957年县卫生科动员西医学中医，有106名西医药人员参加中医函授班，县人民医院设中医科。1983年兖州县中医院建立，设病床30张。1986年9月县中医院与山东中医学院附属医院建立协作关系，由附属医院定期派内科、妇科、痔瘘科专家来院会诊和举行学术讲座，对提高兖州中医水平起到积极作用。1990年，县中医院设10余个科室，备有微波针灸仪、心电示波仪、血液粘度计、微循环机、人体信息仪等医疗器械，增设微循环诊断室。县医院、县分院、各乡镇医院及驻兖各医疗单位均设中医科、中药房。1995年，全市有中医药专业人员110人。其中副主任医师2人，中医师43人，中医士11人，中药师(含主管药师)54人。近年来经批准的私营中医诊所逐渐增多，方便了群众看病就医。