市属医疗机构
市人民医院 1940年5月，伪新民会滋阳县分会建新民会诊疗所，1941年11月改为新民会医院，设门诊诊察、手术、检查3个室。诊察室设内科、外科。有病床20余张，医生职员15人。1943年新民会医院改为滋阳县立医院，增设小儿科、妇人(产)科、皮肤科、耳鼻喉科、齿科、眼科、手术室及病源查体室等。1948年7月兖州解放，华东局在城内建兖州市立医院，10月，滋阳县立医院合并于兖州市立医院。12月，市并入县，遂改为滋阳县立医院。1950年9月改称滋阳县卫生院。1955年3月，滋阳县人民政府接管兖州安多医院，将其并入滋阳县卫生院，院址迁至原安多医院处(今市人民医院)。1956年7月，易名为滋阳县人民医院。1958年11月滋阳、曲阜两县合并，称曲阜县第一人民医院。1962年1月两县分治，改称兖州县人民医院。1967年12月，与县妇幼保健站、县防疫站、县皮肤病防治站合并成立兖州县“六·二六”卫生公社。1970年1月县人民医院恢复，科室19个，工作人员120余人。1990年设内一科、内二科、外一科、外二科、妇产科、五官科、中医科、口腔科、急症科、检验科、放射科、手术室、B超室、理疗室、脑电图室、心电图室、胃镜室、院办公室、医务科、保卫科、门诊部、器械科、护理部等38个科室。有病床300张，职工411人，其中主任医师1人，副主任医师13人，主治(管)医(护、药)师76人。1992年9月称兖州市人民医院，1995年有病房楼4栋，总面积5345.2平方米。设临床科18个科、医技科8个科、职能科12个科，计38个科室，床位增至321张。有职工444人，其中主任医师3人，副主任医师18人，主治(管)医(护、药)师109人。市人民医院为省卫生厅命名的二等甲级医院。
市第二人民医院 位于文化西路。1958年10月，由城关联合诊所、城关牙科联合诊所、城关联合保健站组建，称东风公社卫生院。有职工80人，设6个科室，辖5个门诊部。1962年改称城关公社卫生院。1977年建门诊楼1栋，建筑面积2185平方米。1984年5月改为兖州镇卫生院。是年建病房楼1栋，550平方米。1989年设14个科室，病床116张。有职工175人，其中副主任医师1人，主治医(护、药)师21人。1992年10月改为市第二人民医院，隶属市卫生局。1995年有职工161人，其中有副主任医师2人，主治医(护、药)师36人，其他医疗技术人员104人。设内一科、内二科、外科、妇产科、口腔科、眼科、小儿科、中医科、放射科、特检科、医务科、政工科、统计科、办公室等25个科室，辖诊所4个，有病床120张。
市第三人民医院 位于王因路口南路东。1968年7月建，原为城郊公社卫生院。1983年7月改建为县传染病医院。有职工70人，设10个科室，病床49张。1990年有职工81人，其中主治(管)医(护)师14人。设12个科室，4个病区，床位100张。1994年9月改为市第三人民医院，隶属市卫生局。1995年有职工82人，其中副主任医师1人，主治(管)医(护、药)师57人。设内科、外科、传染病科、放射科、B超室、心电图室、化验室、办公室等11个科室及4个病区，有病床84张。
市中医院 位于东御桥北路43号。1983年12月由县人民医院第二门诊部改建，时有职工29人。1985年增设化验室、心电图室，开设针灸门诊，病床30张。1986年增设放射科、骨伤科、推拿科。1987年床位增至40张，职工73人。1989年，增设微循环诊断室。1991年建门诊楼1栋，2100平方米。1995年有职工96人，其中副主任医师2人，主治(管)医师19人。设内科、外科、骨伤科、推拿科、痔瘘科、妇科、小儿科、放射科、微循环诊断室等18个科室，120张床位。为山东省中医学院教学医院。
市中山医院 位于北顺城街26号。1956年8月建滋阳县手工业联社职工诊所，有职工3人。1959年曲滋合并时，称曲阜县手工业管理局职工诊所。1962年更名为兖州县手工业联社职工诊所。1968年7月并入城关镇卫生院。1970年初，由城关镇卫生院分出，改为县手工业管理局职工诊所。1985年4月改为县二轻局职工医院，设医疗科、药剂科、内科、外科、妇产科、放射科、手术室等15个科室，承担全县二轻系统职工及其家属的医疗、防疫和计划生育手术等任务，同时对外开诊。1993年9月改为市中山医院，增设痔瘘科、烧伤科、男性病科。1994年，建老年病防治中心。1995年有职工50人，其中副主任医师1人，主治医师8人。设内科、外科、妇产科、小儿科、中医科、男性病科、烧伤科、B超室、心电图室等21个科室，36张床位。是年被省卫生厅命名为一级甲等医院。
市口腔病防治所 位于新义街路南。1992年8月，兖州镇医院口腔科张大华等自筹资金组建，10月8日对外门诊，市编委正式列编，为自主经营、自收自支、自负盈亏的医疗单位。1994年4月，投资70万元建口腔门诊楼及辅助用房1000平方米。1995年，有卫生技术人员20人。设口腔内科、整畸科等8个科室。
乡(镇)卫生院、市分院 1952年，县卫生科将村办诊所组成乡联合诊所。同时，在新驿、王因、大安3个区建立首批区卫生所。后陆续成立泗庄、嵫山、道沟、漕河、小孟5个区卫生所。1956年，城关医务界在公私合营诊所基础上组建城关联合中药店、联合保健站，继之建立城关卫生所。1957年，小孟、漕河区卫生所分别划归新驿、大安区卫生所。全县时有7处卫生所。
区卫生所隶属县卫生科和区公所双重领导。以西医为主，吸收部分地方中医药人员，每所一般10人左右。设内科、中医科、妇产科、药房、治疗室及简易病床，负责辖区群众的疾病防治及联合诊所的组织管理。1958年10月人民公社化后，改称公社卫生院，为全民所有制事业单位。全县建有东风(城关)、上游(大安)、共产主义(新驿)、幸福之路(泗庄)、红旗(王因)、红星(道沟)6处公社卫生院。1962年2月增建谷村、颜店、小孟、黄屯公社卫生院，计10处公社卫生院。1963年5月公社卫生院改为集体所有制。1965、1968年，颜店、谷村公社卫生院先后改为地段医院(战备医院)。1971年11月改为县人民医院分院(简称县分院)，为全民所有制(其他卫生院体制未变)。1972年1月，新建漕河、前海两处公社卫生院。1984年5月改为区卫生院。1986年12月改称乡(镇)卫生院。1988年1月，县人民政府决定将县分院、乡(镇)卫生院下放乡(镇)政府管理。1995年，全市有市分院2处，乡(镇)卫生院9处，有工作人员421人，床位326张。
村(大队)卫生室 1956年起，全县普遍建村卫生保健站。人民公社化后，改为大队卫生室。1970年全县农村普遍实行合作医疗，大队卫生室覆盖率达98%。1976年后，由于放松管理和农村经济体制改变，合作医疗逐渐停办，不少大队卫生室解体。1984年恢复、新建村卫生室575处，其中集体办487处，占84%。1987年，县卫生局在全县开展创甲级村卫生室活动，年底，162处村卫生室达到甲级标准，273处达乙级标准。1991年起，对村卫生室进行整顿，实施初级卫生保健。1995年，全市村卫生室480个，覆盖率达96.6%，其中甲级村卫生室392个，占81.7%。有乡村医生839人。
个体诊所(堂铺) 明清时期境内有中医药堂铺。民国期间，城内中医药堂铺30处。至1948年，西医诊所、西医药房有修和、济东、民康、华安等12处，牙科诊所3处；农村中医堂铺56处。中医100余人。1951年，全县中西医个体诊所123处，中、西医人员151人。1955年合作化期间，城乡个体诊所组成联合诊所，个体诊所(堂铺)已不存在。1978年12月，中共十一届三中全会以后，允许私人开业行医，个体诊所有所恢复和发展。至1989年，有个体诊所34个。1990年，经整顿后，全县中西医个体诊所17处，中西医务人员17名。随着医疗卫生体制改革，个体诊所呈迅速发展趋势。1995年，全市发证个体诊所24处，从业人员33人。
驻兖单位医疗机构
济宁市皮肤病防治院 1928年德国教会在冠庄铺村东南建立兖州圣若瑟癞病院，占地23649.8平方米，有男、女病房44间，专收麻风病患者，由修女负责诊治。1952年11月县人民政府接管。1955年8月改为县麻风病院。1956年9月收归山东省卫生厅管理，改为山东省大桥医院。编制床位150张。1958年8月下放到县，称滋阳县大桥医院，隶属县卫生局。11月曲滋合并，易名为曲阜县大桥医院。1962年1月两县分治，称兖州县大桥医院，有职工20余人，隶属兖州县卫生科领导。1980年起，承担济宁地区麻风病的社会防治工作。1981年建门诊楼一栋，设诊断、化验、药房、治疗等科室。1984年12月归济宁市卫生局管理，改为济宁市皮肤病防治院。1995年有职工53人，其中副主任医师2人，主治医师6人。设办公室、社防、医务科、病理室、检验室等11个科室及门诊3处。
兖州铁路医院 建于1928年(民国17年)，设在火车站下，有职员17人，病床17张。1948年改称铁路诊所，1949年更名为铁路卫生所。1959年1月改为济南铁路医院兖州分院，迁至九仙桥北路东，职工35人，设内科、外科、中医科及综合病房，病床30张。1963年，有职工82人，科室9个，辖新泰、磁窑、枣庄3处铁路卫生所。1971年病床增至120张。1984年面向社会，对外开诊。1993年10月，迁至邓家窑街1号，院设办公室、总务室、医务室、社会卫生预防保健科、结核病防治科、内科、外科、妇产科、小儿科、中医科、理疗科、放射科、检验科、急诊室、注射室、供应室、综合门诊、肝炎门诊、肠道门诊。辖东都、新汶、磁窑、济宁、北站、宿舍二区6处铁路诊所和工务段、机务段、铁路托儿所3个保健站。职工299人，其中副主任医师3人，主治医师39人。至1995年未大变动。
兖州肉联厂职工医院 1958年建，称厂卫生室，医务人员7人。1975年改为卫生所，职工10人。1986年9月，扩建为山东省兖州肉联厂职工医院。1990年有工作人员32人，设内科、外科门诊、理疗科、病房等5个科室。病床20张。1995年有职工43人，其中副主任医师4人，主治(管)医师3人，技师9人。设内科、外科、放射科、化验科、腰腿病科等6个科室。病床30张。
兖州煤矿机械厂职工医院 原为厂医务室，1962年扩建为厂卫生保健站，医务人员12人。1966年11月改为职工医院。设内科、外科、化验室、理疗室、药房和病房。1969年医院充实部队转业医务人员，新建门诊楼1栋，增添病房，病床40张。1990年设有内科、外科、妇产科、五官科、口腔科、中医科、放射科、理疗科、化验室、心电图室等13个科室。1995年有职工73人，其中副主任医师2人，主治医师19人，护师19人。改设内科、外科、医技、总务等5大科室。病床60张。
山东拖拉机厂职工医院 1970年5月建立，为厂内职工服务。初设院办公室、门诊部、住院部、辅助科室，病床50张。1990年设办公室、总务科、财务科、内科、外科、妇产科、小儿科、五官科、中医科、药房、检验科、X光室、院部门诊13个科室。1995年有职工113人，其中主任医师1人，副主任医师4人，主治医师17人。设内科、外科等5大科室。床位160张。
兴隆庄煤矿职工医院 1981年6月建。1990年院设办公室、财务室、总务室、内科、外科、妇产科、眼科、中医科、针灸室、检验科、放射科、心电图室、A超室、B超室、CT室、胃镜室、急诊室等20个科室。病床102张。承担全矿职工、家属的医疗、预防、保健和计划生育工作，并对外开诊。1995年有职工229人，其中卫生技术人员176人，副主任医师8人，副主任护师1人，主治(管、护)医师67人。设临床科9个，医技科8个，职能科15个，计32个科室。病床144张。
驻军医疗机构
九一医院 1951年1月组建，称华东军区后勤卫生部第十五野战医院，同年调驻兖州，隶属华东军区后勤卫生部，设政治处、医务科、供应科及5个医疗队，为团级单位。病床1500张。1953年改编为华东军区第十五陆军医院。1954年8月划归山东军区。10月改为中国人民解放军第九十一医院，仍为团级单位，床位缩至1000张。1955年7月划归济南军区后勤部，1964年5月床位缩至500张。1965年隶属济南军区后勤部第十一分部。1970年定为中心医院，有3个处、17个科室，缩编床位为400张。1984年，整编床位350张。1987年床位为290张，下设3个处1个部21个科室。1992年10月隶属济南军区后勤部第九分部。1994年4月归属济南军区后勤部薛城办事处。
1995年设医务处、政治处、院务处及护理部，临床医技设内一、二、三、四、五、六科，外一、二、三科，烧伤外科、五官科、小儿科、妇产科、神经科、肿瘤科、结核病科、信息科、康复科、放射科、麻醉科、检验科、病理科、理疗科、特检科、药剂科、医学工程科、CT室、核磁共振、门诊部30个科室。展开床位500张。主要收治驻济宁、枣庄、菏泽及泰安、临沂市(地)部队的伤病员。亦收治地方病人。
54864部队医院 原为中国人民解放军步兵某师卫生队。1952年8月改为卫生连。1962年7月改为卫生科。1978年5月增建为医院，编制84人，病床60张。1986年12月，改为部队医院。1995年编制75人，病床20张。对地方开诊。
山东省第七康复医院 1952年由山东省军区高干疗养院、鲁中军区直属所及渤海军区一休养所组建，下设3处分院。院部及二分院驻兖州城内。二分院职工450余人，病床350张，科室14个。主要收治志愿军伤病员。1956年7月该院撤销。
华东军区第十四陆军医院 1951年3月由安徽省明光县迁至兖州，驻南教堂北院。有职工800余人，主要接收志愿军九兵团的伤病员。驻兖期间收治冻伤、战伤病员1600余名。1953年3月调离兖州。
附 教会医院
安多医院 1897年(清光绪二十三年)由德国人韩宁镐在钟楼街西段路南建，称安多诊所。1899年(清光绪二十五年)安多诊所改建为安多医院(今市人民医院址)。有门诊楼1栋，设化验、手术、病房、医护等科室，有房屋39间。1935年(民国24年)医护员30人，设内科、外科、妇产科、眼科、化验室、放射科，有床位30张。另设诊所两处，主要治疗兖州、临沂、菏泽、临城(今薛城)、泰安等地教会病人。1955年3月，县人民政府接管安多医院，同时并入县卫生院。
中华圣公会医院 1909年(清宣统元年)建立，为美国耶稣教兖州诊疗所。1936年改为中华圣公会医院，院址兖州北教堂(今兖州一中址)。时有医护员10人，设综合门诊、药房、治疗室。1939年停办。