市卫生防疫站 1956年7月建立，配工作人员9人。1959年曲滋合并时称曲阜县卫生防疫站。1962年1月改称兖州县卫生防疫站，设检验、卫生两个组，有工作人员17人。1967年12月与县人民医院等单位合并成立“六·二六”卫生公社。1973年恢复县卫生防疫站，下设办公室、防疫、检验3个股(室)。1983年改股为科，增设宣传教育、食品卫生、监测3个科。1985年增设门诊及消杀、环卫、防痨3个科。1987年防痨科对外称结核病防治所。1990年有工作人员81人，其中副主任医师3人，主管医师2人。1995年，市卫生防疫站设11个科室，有工作人员84人，其中副主任医师2人，主管医师19人。
市妇幼保健站 1954年建立，工作人员3人。1967年12月并入兖州县“六·二六”卫生公社。1969年恢复县妇幼保健站，工作人员5人。1989年工作人员38人，其中主管医(技)师7人。1990年设社会防治科、妇女保健科、儿童保健科、皮肤科、X光室、化验室、B超室等12个科室。是年被山东省卫生厅命名为甲级县妇幼保健站。1994年设社防科、妇产科、乳透科、儿科、婚检室、化验室等8个科室。病床22张。有工作人员49人，其中主治医师20人，医师17人。1995年未变。
市皮肤病防治站 1956年12月建立，始称县麻风病防治站，配工作人员3人。同时建麻风病人休养村，主要收治境内农村麻风病患者。1970年改称兖州县皮肤病防治站。1990年有工作人员12人，其中医疗技术人员8人。1995年有工作人员10人，其中卫生技术人员7人。
市结核病防治所 1985年县防疫站设防痨科，1987年4月，防痨科对外称结核病防治所。设门诊、药房、化验室、X光室等。1990年有工作人员7人，其中副主任医师1人。1995年在职7人，其中副主任医师1人，主治医师1人。
乡(镇)社会卫生站 1958年9月公社卫生院建立后，各院固定防疫人员1～2人，负责本社范围内的疫病防治工作。1970年公社卫生院成立防疫组，主要任务为接种疫苗、上报疫情。1987年，为适应社会卫生工作的需要，在防疫组基础上建乡(镇)社会卫生站，设在各乡(镇)卫生院内，与乡(镇)卫生院同级。站长由乡(镇)卫生院长兼任，并设专职副站长1人，工作人员2～3人。1989年起，县卫生局每年为3～4处乡(镇)社会卫生站，配备查体、监测仪器，培训技术人员。1990～1995年，各乡(镇)社会卫生站工作人员增至6～10人，开展健康查体、卫生监督、计划免疫、蚊蝇消杀、药品管理、传染病防治、初级卫生保健等项工作。
附 伪防疫机构
中央防疫委员会兖州治疗所 1939年6月日伪统治时期成立。时有医师1人，护士2人，司药1人，练习生2人。设内科、外科、五官科等。主要任务是卫生宣传、预防接种、组织开展卫生突击活动、防治传染病。同时治疗常见病、多发病。1943年迁往青岛郊区。