民国时期，县警察局(所)兼管社会卫生、医院、医药堂铺等。
1951年10月，滋阳县人民政府设卫生科，配副科长、秘书、会计各1人。1958年11月，滋阳、曲阜两县合并，设曲阜县卫生科，配正科长1人，副科长2人，工作人员3人。1962年1月两县分治，成立兖州县卫生科，1963年10月改为卫生局。“文化大革命”初期撤销，成立兖州县革命委员会文教卫生办公室，行使卫生行政管理职权。1970年文教、卫生分口管理，成立兖州县革命委员会卫生办公室。1971年12月恢复兖州县卫生局。1986年县卫生局设政工、医政、药政、卫生防疫、计划财务5个股。1990年增设中医股、行政办公室，工作人员27人。1992年9月改称兖州市卫生局。1993年12月党政机关机构改革，精简科室，分流人员。市卫生局设政工、医政、防疫、财会、办公室5个科室及爱卫会、红十字会办公室。有工作人员21人，其中局长1人，副局长3人，副主任科员2人。1995年未变。