1975年秋至1978年秋，配合中国科学院考古研究所山东队和济宁地区文化局，对王因遗址共进行了7次发掘。揭露面积7000平方米，出土文物5000余件，清理属大汶口文化的墓葬800余座，房址10余处，窑穴和灰坑100余个。获得北辛文化时期和大汶口文化早期较为丰富的实物资料，对研究大汶口文化早期的社会状况及意识形态提供了重要依据。这次发掘的情况由胡秉华执笔写成《山东兖州王因新时期时代遗址发掘简报》，发表在1979年第一期《考古》刊物上。
1982年秋济宁行署文物管理处和兖州县图书馆文物组发掘了龙湾店遗址。开5×5米探方4个，出土文物130余件，属龙山文化时期遗存。
1984～1985年底国家文物局在西吴寺遗址举办了3期“全国田野考古领队培训班”，并对西吴寺遗址进行3次发掘。第一次是1984年9月15日～11月29日，由俞伟超、郑笑梅、黄景略主持，培训班第一期学员20人参加了发掘，开5×5米探方43个，面积1075平方米。第二次是1985年3月19日～6月20日，由叶学明、郑笑梅、吴汝作、黄景略主持，培训班第二期学员参加发掘，开探方57个，面积1425平方米。第三次是1985年9月11日～11月16日，吉林大学历史系考古专业83级学生参加发掘。开探方30个，面积750平方米。3次发掘共开探方130个，面积3250平方米，出土龙山文化和商周文化遗物1400余件。编成《兖州西吴寺》专著，文物出版社出版发行。
1984年，西吴寺遗址第一次考古发掘结束时探方全景
1990年春中科院考古研究所山东队对西桑园遗址进行了局部发掘。为北辛文化的早、晚分期提供了重要的地层依据。
1991年9～12月国家文物局在范家堂遗址举办了“全国田野考古领队第六期培训班”。开5×5米探方40个，面积1000平方米，出土大汶口文化和商周文化文物近千件。
山东省文物考古研究所对境内嵫山、梁营、西桑园等遗址进行钻探，确定了这些遗址的文化性质和价值。