1956年进行第一次文物大普查，历时半个月，共查出古遗址20处,古墓葬7处,古建筑5处,古城址4处。兴隆塔、少陵台、范家石坊、金口坝、青莲阁、江公墓、尧王墓、房知温墓、柳下惠墓、巨野王墓、永福王墓、澹台墓、瑕丘故城、古城、 城、高鱼城16处,初步定为山东省重点文物保护单位。
1973年进行第二次文物大普查，重点是了解文物的破坏情况和宣传、贯彻国家文物法规情况。普查发现，原有的7处古墓葬、4处古建筑和部分古遗址遭到破坏。为加强文物保护，县革委于同年发布了《兖州县文物保护布告》颁布全县。
1981年进行第三次文物大普查。县政府下发了“关于进行全县文物大普查的通知”，1983年普查结束。1988年对文物进行复查，共查出古遗址187处，古建筑(包括桥梁)12处，大型汉墓群6处，古城址4处，石刻100余块。
通过文物普查和复查，重新确定了山东省文物保护单位2处:兴隆塔、西吴寺遗址；济宁市文物保护单位11处:西桑园遗址、王因遗址、嵫山遗址、屯头遗址、马楼遗址、中李宫遗址、西顿村遗址、玄帝庙大殿、青莲阁、洪福寺郑氏庄园、郑郗村郑氏庄园；兖州县文物保护单位8处:龙湾店遗址、新驿西遗址、 城遗址、金口坝、南大桥、南教堂、碉堡、瑕丘故城遗址。1992年，西桑园遗址、王因遗址、西顿村遗址、金口坝列为全省重点文物保护单位。