清代，为保护嵫山名胜古迹，县衙曾下令禁止开山采石。1820年(清嘉庆二十五年)立禁嵫山采石碑护山。
解放后，党和政府十分重视对文物古迹的保护。1955年拨款5000元维修了培英坊。1956年，境内兴隆塔、少陵台、范家石坊、金口坝、瑕丘故城等16处文物古迹被公布为全省重点文物保护单位。“文化大革命”期间，文物古迹遭到严重破坏。1973年，为加强对现有文物古迹的保护，县革委印制《兖州县文物保护布告》，颁布全县。1977年12月23日山东省革命委员会鲁革发122号文件公布兴隆塔、西吴寺遗址为省级重点文物保护单位。1984、1985年县政府和济宁市政府分别公布县、市级重点文物保护单位。根据省(1978)鲁文字第6号文件关于做好重点文物保护单位“四有”工作的通知，先后为2处省级、11处市级和8处县级重点文物保护单位，划定保护范围，做出标志和说明，建立科学记录档案，成立保护管理组织。至1986年，全县共投资7500余元，建立标志和说明(立碑)21处。1985年政府拨款13.5万元，对兴隆塔进行了全面维修。
在文物保护工作中，坚持宣传、贯彻、执行《宪法》、《文物保护管理暂行条例》和1982年11月19日颁布的《中华人民共和国文物保护法》及有关法规、法令，对保护文物有功人员予以奖励，对违犯规定的单位和个人严肃处理。1956年驻军某连拆除少陵台碑亭，破坏了文物古迹，该连负责人受到纪律处分。对1965年城关公社某街道办事处秘书毁坏古瓷器和1978年12月黄屯公社窑厂破坏古墓事件分别予以处理，并通报全县。还制止了在兴隆塔保护范围内乱建房屋的行为。进入80年代，鉴于全国全省盗窃、走私文物事件时有发生，县政府及时下发文件，传达贯彻公安部、文化部《关于加强安全保卫工作防止文物被盗的通知》和1987年5月26日国务院《关于打击盗掘和走私文物活动的通知》，做到警钟长鸣，确保国家文物安全。
对馆藏文物的管理，坚持征集、修复、鉴定、分类收藏；建有藏品档案、文物总帐和分类帐，文物库房装有微波雷达、红外线、电磁感应3套报警设备。管理人员严格履行《安全保卫责任制合同书》，逐步实现文物管理的科学化、制度化、正规化。