市气象局 1931年山东省建设厅在境内设立测候所(亦称观象台)，隶属县政府建设科。
1950年3月，华东军区气象处、南京航空气象司在境内筹建华东空军兖州气象站，1951年1月1日，气象站建成，隶属华东军区气象处。1952年11月2日，列为军管、保密、机密组织，隶属军委领导，有站长1人，观测员4人，通讯员1人，警卫员4人。1953年10月20日，由部队转为地方建制，改为县气象站，隶属上级气象部门和县政府双重领导，以上级气象部门领导为主。1958年8月下放到县，隶属县农林局。1960年5月改为县气象服务站，1964年7月，实行气象部门和县政府双重领导建制，以气象部门领导为主。1968年3月改为气象站革命领导小组，有组长1人，技术人员6人。1970年12月，隶属县人武部和县政府，以县人武部领导为主。1973年11月隶属县革委。1980年7月再次实行气象部门和县政府双重领导，以气象部门领导为主。1981年1月改为兖州县气象局。1992年9月称兖州市气象局。1995年有工作人员16人，其中正、副局长各1人，工程师4人，助工6人，技术员3人。
兖州市气象局(站)为国家基本站，是济宁市唯一直接向国家气象局报告气象情报、参加国际气象资料交换和亚欧地区气象资料分析的气象测报单位。
市地震办公室 1975年2月成立县地震工作领导小组，下设办公室，和县科研办公室合并办公。11月正式设立县地震办公室，为正局级事业单位。1976年6月县地震办公室有工作人员7人，其中主任1人，副主任1人。1984年5月县地震办公室撤销，地震工作由县科委兼管。1991年5月恢复县地震办公室，1993年11月并转到市科委，改设为地震科和地震监测站，1995年未变。
市农科所 1977年10月设立，1978年正式列为县农业科技研究及推广的事业单位，隶属县农业局领导，下设小麦、玉米、棉花、大豆4个科研组。1984年隶属农牧渔业局，有工作人员14人，其中所长1人，副所长1人。1989年隶属农业局，1995年有工作人员14人，其中所长1人，副所长1人，专业技术人员12人。
市农机技术推广站 1977年12月12日设立，称农机研究所，为县农机研制、改进及技术推广的事业单位，隶属县农机局领导，有工作人员6人，其中所长1人，副所长1人。1987年6月8日农牧渔业部批准改为县农机化技术服务中心，为全国仅有的4个中心之一。1990年有工作人员15人，其中所长1人，副所长1人。1993年更名为兖州市农机技术推广站。1995年有职工13人，其中2人具有高级职称，5人具有中级职称。
市林科所 1978年1月设立，隶属县林业局，有职工12人，其中所长1人，副所长1人，科技人员5人，主要从事平原林业阔叶树种的良种试验研究及推广示范工作。1987年有职工13人，其中所长1人，副所长1人，科技人员4人。1995年有职工13人，设所长1人，副所长2人，技术人员4人。
市农业技术推广站 1954年1月1日设立，称县农业技术指导站，隶属县建设科。1955年改为县农业技术推广站，隶属县农业科，1956年隶属县农业局。1969年改为农林组，隶属农林水电革命委员会。1970年恢复县农业技术推广站。1974年11月，农业技术推广站隶属县农业局，1986年隶属县农牧渔业局，1989年隶属县农业局。1995年有职工4人，均为技术人员，其中站长、副站长各1人。
市水产技术站 1976年设立，隶属县林业局。1984年隶属县农牧渔业局，有站长1人，副站长1人。1989年隶属农业局。1995年有职工5人，均为技术人员，设站长1人，副站长2人。
市淡水鱼养殖试验场 1958年建，隶属省水产局，后归济宁地区水产局领导。1978年隶属县林业局，1984年隶属县农牧渔业局，1989年隶属县农业局。1995年有职工34人，其中技术人员3人，设场长1人，副场长2人。
市农村能源技术指导站 1978年4月设立县沼气办公室，隶属县科委，1979年隶属县农委。1984年4月改为县农村能源技术指导站，隶属农牧渔业局，有工作人员6人，其中主任1人。1989年隶属农业局，1995年有职工4人，其中站长、副站长各1人。
市科技情报研究所 1984年12月6日设立，隶属县科委，主要从事国内外科技情报的收集、整理、分析、研究及新技术、新成果的推广工作。1990年有所长1人，工作人员3人。1993年机构改革定为全额拨款的事业单位，有助理研究员2人，1995年未变。
除上述单位外，还有良种场、土壤肥料工作站、植物保护站、果树站、森保站、科技服务中心。1995年全市共有市属科技单位15个，乡镇农、林、水、机、畜等技术站53个。