书院是封建社会县级以上单位设立、供读书讲学的处所。萌生于唐，推行于五代，盛于宋，明、清两代因袭。书院设山长1人，主持讲学。
境内旧有勉学书院、养正书院。1529年(明嘉靖八年)章贤书院创建。颜子书院在兖州城南陋地村，为“兖国公”旧址改建。
1683年(清康熙二十二年)设东鲁书院，为府级书院。址于少陵台下(今公安局址)，初名文在书院，后易名景贤书院，又改为少陵书院、东鲁书院，俗称“东书院”。1744年(清乾隆九年)，兖州知府鄂敏拨汶上南旺湖地9000亩，年收租银400两作为书院经费，并于任中扩修。在院读书生童滋阳县籍居多，兖州府所辖州县亦有生童在此院读书。1860年(清咸丰十年)兵燹后，书院几废。同治年间，整顿中兴。
1890年(清光绪十六年)滋阳县知县周衍恩创设崇正书院，位于城内息马地街西端路北。俗称“西书院”。为县级书院。
1901年(清光绪二十七年)，清政府诏令改书院为学堂，书院遂告结束。