审计机关自建立以来，认真贯彻审计署提出的“边组建，边工作”、“抓重点，打基础”、“积极发展，逐步提高”和“加强、改进、发展、提高”的审计工作方针，遵循改革、开放、发展经济的总要求，认真履行审计监督职能，到1995年底共审计单位和项目986个，审计金额52.1亿元，在发挥宏观经济调控作用，维护财经法纪，加强廉政建设，提高经济效益等方面发挥了积极作用。
围绕搞活国营大中型企业，开展承包经营、财务收支、资产负债损益和经济效益审计。1987年，企业实行承包经营后，陆续开展承包经营责任审计和厂长(经理)离任审计，进一步促进了承包经营责任制的完善。1989～1990年，按照政府要求，统一组织了对第一轮承包企业各年度承包经营情况的审计和终结评价工作。1990年共对134户(次)承包企业进行了全面审计，并把审计结果作为对承包人奖惩及实行第二轮承包基数的主要依据。1992年，为认真贯彻《全民所有制工业企业转换经营机制条例》，审计机关先后对工交、商粮贸、供销系统的棉麻、城建等行业203个单位开展了财务收支、承包经营和经济效益等项审计。1995年《审计法》正式实施，围绕建立现代企业制度的要求，对企业审计的重点逐渐转移到了资产、负债、损益上来，先后对27户企业进行审计，针对发现的问题提出完善规章制度等建议20多条，解决失控点50多个，促进了企业资产的保值增值，维护了国家资产的完整。
开展财政金融审计，促进专业管理和专业监督。1986年以来，按照财政审计“上审下”体制的要求，先后对13个乡镇财政决算进行审计，通过审计，既严格处理了问题，又提出了增产节约，增收节支方面的建议，为减少乡镇财政赤字，加强预算外资金管理，保证财政收支平衡做出了贡献。1995年，按照《审计法》中“同级审”的规定，首次开展对县级财政预算执行情况的审计。对金融保险机构坚持以财务收支为重点，逐步实行经常性审计监督制度。1990年以来先后对人民银行、工商银行、中国银行、建设银行、农业银行、保险公司以及非银行金融机构进行了审计，针对审计中发现的擅自提高存款利率，违反规定挪用信贷资金，违规拆借资金，结算渠道不畅等金融秩序混乱等问题提出了整顿建议，为整顿金融秩序发挥了积极作用。在搞好财务收支审计的基础上，1994年开始对农业银行夏粮收购资金进行专项审计，促进了夏粮收购资金的落实及专款专用，杜绝了夏粮收购中的“打白条”现象。
开展基本建设审计。从1984年起，按照国家控制基建规模，提高投资效益的要求，每年对一部分重点建设项目、自筹基建资金进行财务收支审计。1989年开始对重点建设项目实施工程预决算审计，1990年又开始对新开工基建项目实施开工前审计。由开始对部分建设项目的财务收支审计，发展到对基本建设项目实施开工前、施工期间、竣工决算等环节的全部过程审计，取得了显著成效。
行政事业单位审计。1987年开始试行行政事业单位定期审计，1989年实现一级预算单位全部覆盖。截至1995年底，共完成行政事业单位审计269项。在定期审计中，以有资金分配权、有预算外收入、有罚没收入的部门为重点，并对管理较乱，资金较多的二三级预算单位进行延伸审计。做到审计一批单位，解决一些突出问题，有效地控制违纪，节约开支，促进了党政机关的廉政建设。重点专项资金审计紧紧抓住数额较大、对经济全局有重大影响的农业发展资金、黄淮海平原开发资金、水利资金、育林基金、科技教育资金、城市建设维护资金和社会保障资金等专项资金实行必审制度，既查处挤占挪用、损失浪费等问题，又评价资金使用效益，促进了农业基础的巩固、科技教育事业的发展、城市建设的进一步改善和社会保障制度的不断完善。外资审计以国际金融组织援贷款项目为重点，1990～1995年连续5年对利用世界银行贷款加强灌溉农业项目进行审计，促进了有关政策的落实，提高了外资利用效益。
围绕经济活动中热点、难点问题，开展审计调查。自1986年开始先后对农业发展基金、农村“三提五统”资金、基本建设资金、商业流动资金、企业潜在损失、企业承包经营、中外合资及合作企业基本情况、科委科技三项费用使用情况、粮棉油收购打白条情况、开发区开发与建设情况、商业企业“公有民营”情况、外贸体制改革情况、医药行业“宣传费、包装费和回扣”情况进行了审计调查。针对带有倾向性和普遍性的问题，提出改进建议260余条，撰写论文和专题调查报告26篇，发挥了审计部门的宏观调控职能，为党政领导决策发挥了积极的作用。