兖州县审计局于1983年12月成立，编制10人，内设行政审计、工交企业审计、商业审计、基本建设审计4个股。1986、1989年两次增加编制，至1990年有工作人员18人。1992年9月，改为兖州市审计局，时有工作人员22人，内设办公室、内审指导科、行财审计科、工交企业审计科、商粮贸企业审计科和基本建设审计科。1993年12月机构改革，局内增设综合科，行政编制16人，有局长1人，副局长2人，至1995年底未变。
兖州县审计事务所于1989年6月成立，隶属于兖州县审计局，编制5人，对外实行有偿服务，属自收自支、独立核算的全民所有制副局级事业单位。1995年底，有专职执业人员15人，聘用兼职人员12人，其中高中级专业技术人员7人，中国注册审计师5人。设财务收支审计部、资产评估部、固定资产投资审计部、综合业务部。
内部审计机构1985年组建，先后在县经济委员会、财政贸易委员会、供销合作联社、教育局、粮食局组建内审机构5个，兼职人员8人。至1995年底，全市内审机构发展到115个，兼职人员发展到172人。