清末，户房掌管户口、田赋、商税等。
民国初年，承袭清制，户房管理财政收支事宜。1914年设县财政收支所，负责征管赋税。1919年，财政收支所改为财政管理处，掌管地方财政，有管理员、书记员各1人。1920年，县公署设二科，科下设两课和金库。1923年，县公署二科改为财务局。1924年成立地方财政监督委员会，负责监督地方财政的实施。1929年2月，财务局改为财政局。同年监督委员会改为县公署三科，负责县地方财政及地方捐杂税事项。1933年，财政局改为财政科。1935年，财政科与三科合并为二科。1945年8月日军投降后，国民党县政府设财政科，下设会计室和金库，有科员、办事员7人。1947年5月，增设县自卫经费统筹委员会，有委员15人，负责筹措临时军费。
1948年7月，兖州市、滋阳县分别设财粮科。年底合并为滋阳县财政科，下设会审、税务、村经费和行政4个股，有工作人员10人。
1950年4月，财政科有会审、村经费和行政3个股，全县9个区设财政助理员和经费会计各1人。1956年11月12日财政科改为财政局，下设预算、农业税、秘书3个股，同时将保险公司业务划归财政局。1958年3月税务业务划归财政局，下设税政股。同时，将城市房管、建行拨款业务划归财政局。11月滋阳县与曲阜县合并时财政、银行、商业、供销社、工商合署办公。1959年9月增设企业股。1962年1月，滋阳与曲阜两县分治，重建财政局，下设预算、农业税、企财、人秘4个股，共9人。1967年5月，财政局归属县革命委员会生产组。1969年称县革命委员会财税组。1971年12月恢复设立财税局，有预算、农业税、税政、企财4个股。1983年9月财政、税务分设。财政局设预算、企财、农财、人秘4个股，1984年4月增设行政事业财务管理、预算外2个股。
1985年10月，设立济宁市财政驻厂员管理处兖州组(正局级)。1989年6月，设立税收财务物价大检查办公室(正局级)、控制社会集团购买力办公室、济宁市会计师事务所兖州分所(正股级)。1991年4月，设立县国有资产管理局(副局级)，5月设立县利用世界银行贷款加强灌溉农业项目领导小组办公室(正局级)。1995年10月，成立预算外资金管理局(正局级)。年底，兖州市财政局设办公室和预算、行财、企业、农财、农税、综合计划、控购检查监察、税政8个科。下设市利用世界银行贷款加强灌溉农业项目领导小组办公室、市经济开发投资公司、市国有资产管理局、市住房资金管理中心。辖兖州市会计师事务所。