清末，城内有鲁芳酱园、恒泰茶庄、增益堂药材店、元盛和布店等180多处商号。民国初期，城内开设各种店铺507处，多为小型店铺，主要集中在南门大街(中御桥南路)、南大街(中山路)、南岗子街、九仙桥街。1920年，城内有布匹、鞋帽、茶叶、药材、酱菜、杂货等商店214家。解放后城内中山路仍为主要商业街。在农村，商业网点主要分布在各集镇。1954年，全县农村私营商业有百货、糕点、杂货等17个行业、1114户。1956年，全县普遍进行了对私营商业的社会主义改造，对商业网点作了调整，调整后有商业经营单位255个，零售点217个，在区驻地(大集镇)建8处基层供销社，在78个乡驻地和1000人以上的大村庄设综合性零售商店150个。
私营商业社会主义改造完成后，国营、集体和供销合作商业网点占据城乡市场，私营网点不复存在，这种状况持续20余年。其间，由于1958年“大跃进”、1959～1961年经济困难和1966年后“文化大革命”的干扰，境内网点建设极其缓慢。1978年，中共十一届三中全会以后，境内网点建设有了较快发展，商业日趋繁荣。城内建设路两侧新建一大批商业网点，基层供销社增加到12个，山拖、矿山机厂、发动机厂、兴隆庄煤矿、兖州北站等职工集居点设有大型商店。1990年，全县共有商业网点5263个，其中国营198个，集体873个，个体4192个。随着经济迅速发展，商业网点建设日新月异。城区兖州百货大楼、九州百货大厦、鲁门商场、中御桥百货楼、白云商场、皇城商厦、银河商场、兖州商业大厦、华联商厦、裕隆商场、金隆商场等一批功能全、档次高、规模大、现代化商品销售中心相继建成使用。境内商业呈现一派繁荣景象。
1995年，全市有商业网点5678个。批发贸易网点433个，其中，国营149个，集体60个，个体224个。零售网点5245个，其中，国有29个，集体272个，私营61个，个体户4883个。
百货一部 1953年设立，称中国百货公司山东省兖州支公司第一门市部。1964年新建，位于中山东路与东桥北街交叉路口。营业面积为590平方米，为境内最早的较大国营百货商店。设11个专柜，经营百货、文化用品、纺织品、服装鞋帽、五金交化、体育用品等9大类，5000余种商品。1990年有干部职工48人，固定资产3.1万元，商品销售额为220万元，利税14.9万元。1994年划归九州百货大厦。
兖州百货大楼 座落在中御桥路与建设路交叉处(建设西路1号)，是一个全民所有制综合性商业大楼。1982年1月破土动工，1985年10月20日建成开业，楼高3层，营业面积3600平方米，设营业柜组28个，经营大小百货、烟酒糖茶、五金、交电、化工、家用电器、塑料制品、工艺品、针织品、布匹、床上用品、文体用品、服装鞋帽、家具等20大类1万多个品种。1990年有职工178人，固定资产为1680万元，营业额1268万元，利税118万元。1994年，百货大楼进行内部装修，调整了部局，加强了管理，经营品种达到13000多个，年销售额2400万元，实现利税65.6万元，固定资产达到1680万元，有职工270人，1995年销售额为2906万元，利税159.2万元。是年，该公司二期工程动工，建筑面积6000多平方米，建成后，与一期浑然一体，将成为城区又一处过万平方米的高品位的购物场所。
鲁门商场 位于建设路中段路南，是庭院式大型综合商场。1987年8月动工兴建，一期工程于1988年1月竣工，商场开业。二、三期工程分别于1989年1月、10月竣工，总投资496.7万元。商场占地2万平方米，经营面积1.3万平方米。鲁门商场设一部、二部，分别隶属于市供销社联合公司和经贸公司，1990年营业总额为3690万元，实现利税363.4万元。1994年对商场进行了股份制改造，一、二部合并，称鲁门商场有限责任公司，隶属市供销社集团总公司，设董事会及兼事会，设办公室、财计审计科、企业管理科、仓储保卫科、基建科和五金交通、家用电器、炊事用具、针纺织品、鞋帽、百货、食品果品7个专营分公司。商场设有50个专业柜组，商品分30多个系列，上万个品种。1991～1994年，鲁门商场连续获济宁市文明企业称号，1994年获山东省守信用企业称号。1995年有职工397人，固定资产总值为840.3万元，商品销售额为2873万元，利税51万元。
九州百货大厦 座落在火车站广场西南隅，1989年9月9日开业，是济宁市商业系统六大商场之一。一期工程建筑面积为7521平方米，营业面积6000平方米。4个营业楼层设60个营业柜组，经营日用百货、烟酒糖茶、副食品、针纺织品、服装鞋帽、钟表眼镜、家具、家电、五金交化、体育用品等19大类、2万余种商品。1990年有干部职工280人，固定资产450万元，商品销售额1701万元，利润57.40万元。1994年，二期工程竣工，营业总面积达到11000平方米，一楼装有大投影机和组合屏幕，踏步电梯通达四楼。是年，固定资产达到1500万元，职工561人，经营品种35000多个，销售额为3425万元，实现利润140万元，为山东省百强零售企业。1995年销售额为6301万元，利税为361.6万元。
九州百货大厦
华联商厦 座落中御桥中路新兴商业街中段。1994年7月动工兴建，1995年11月8日建成开业。总投资2000余万元，建筑面积13600平方米，主楼10层，4层营业，内设电子信息、中央空调、电动扶梯等现代化设施，是境内大型现代化购物中心。商厦设日用百货、服装、针纺织品、鞋帽、家用电器、交通器材、洗涤化妆、烟酒副食八大商场，经营37个系列，3.5万多种商品。年末，共有职工431人，固定资产总值2370万元。开业2个月，经营额930万元。