境内河流属季节性河流，雨季涨满，加之客水汇集，往往成灾，冬春两季河涸断流。近年由于雨水稀少，地下水位降低，部分河流出现常年干涸现象。全市有河流(沟)20条，境内长235.2公里。
泗河 古称泗水，发源于泗水县陪尾山，西南流经泗水、曲阜、兖州、邹城、微山、任城，至辛闸入南阳湖。全长159公里。
泗河至谷村镇龙湾店入境，经城东、南至王因镇前辛集出境。境内长32公里，宽150～300米。河道比降，龙湾店引泗闸至金口坝为1/1400；安全泄水量为2200～3500立方米/秒；最大洪峰流量为4020立方米/秒(1957年)。河床较高，坡水不能排入。流域面积11.2平方公里，全为河滩地。
建国前泗河经常泛滥成灾。据记载，仅明、清两代“泗溢入城”就达17次之多。1957年泗河洪水泛滥，为确保津浦铁路和城市安全，被迫在小沂河南岸和泗河西岸马家桥、郭家营处炸堤分洪。后对泗河进行多次治理，使沿河安全得到保障。近年由于上游水库、闸、坝增多，加之连年旱情严重，干旱季节水源枯竭，泗河境内段则成干河。
洸府河 为洸河、漕河、府河裁弯取直合并后的新河。自漕河乡河南起经漕河、新驿、大安、颜店、前海5个乡镇至屯头村西南出境,境内长25.8公里，宽80～100米，流域面积567平方公里。安全流量为1200～1300立方米/秒，有大、小支流12条，系境内较大河流。
原洸河发源于宁阳县东北部山区，流经兖州、济宁入南阳湖，全长47.7公里。古时上接汶河，下接会通(运)河，自古起着沟通漕运的作用。由于上游泥沙淤塞，河床增高，水流滞阻，元代曾作过一次大规模疏浚，近代又复为患。每遇大雨，客水倾注，经常泛滥成灾。1964年境内近一半土地为其淹没，受害很大。
原漕河古时也是害河。
1965年对洸河、漕河及府河进行治理，裁弯取直合流。1971年按“三年一遇”除涝、“二十年一遇”防洪的标准开挖河槽，修筑大堤，提高了防洪排涝能力。后在侯家店、高吴桥、屯头等处建闸蓄水，不仅杜绝了水患灾害，还可利用河水灌溉农田，洸府河已成为能排能蓄的有益河道。
府河 是隋朝兖州刺史薛胄为引泗、沂河水西流灌溉农田开凿的人工河，号曰“丰兖渠”，元代疏凿。明洪武年间兖州升为府，此河穿城而过，故名。城内段亦称玉河。府河由泗河金口坝北引水西南流经新兖镇、泗庄、黄屯、前海4乡镇，于玄帝庙村东入杨家河。全长15.1公里，宽10～25米，流域面积46.6平方公里。
杨家河 原为上元沟，建国初调整水系后称杨家河，源于大安镇张家楼村西，流经大安、泗庄、前海、黄屯等乡镇，至济宁市任城区入洸府河。全长26.5公里，境内段长18公里。此河支流有大安沟、牛厂沟、朝阳沟等。
蓼沟河 原是满长红蓼草的排水沟，故名。此河源于黄屯镇金家村东北，流经王因、黄屯两镇，至王因镇前仁美村西出境，在济宁市任城区石佛村入洸府河。全长25公里。此河1953年首次开挖，经陆续疏浚、加深、筑堤，提高了防洪、排涝能力。境内段长12.5公里，宽25～46米，流域面积135.46平方公里。
汉马河 《滋阳县乡土志》载:发源于宁阳县东北部凤凰山，初为二水，山之阳曰汉河，山之阴曰白马河，二水合流，故曰汉马河。全长42.7公里。该河自后盛村北入境，西流经官庄、小厂、大厂，至蔡家桥西与漕河汇流入洸府河。境内段长8.3公里，流域面积6.8平方公里。
洸河 原属汶水，发源于宁阳县北部山区 城坝，由小孟乡梅营村北入境，经高吴桥、东顿村、孔家屯、袁庄、翟村，在老河口与漕河汇合，至屯头村西南入济宁市任城区运河。总长44.4公里。1965年进行河道治理。高吴桥以下河段与漕河、府河合并称洸府河。上段仍称洸河，流经梅家营、歇马亭、谢家楼，至高吴桥入洸府河。境内段长8.4公里，宽20～30米，流域面积16平方公里。
漕河 《滋阳县志》载:漕河源于宁阳县附城蛇眼诸泉，初名罗河。自大厂村东入境，至蔡家桥西流到甄家桥东与宁阳古城泉汇流，至张家楼向南流，经西北店、前后邢、大徐、孔家屯、翟村，在老河口与洸河汇流，屯头村西南入任城境。1965年进行河道治理，漕河自河南村以下取直合并为洸府河，蔡家桥以上称罗河。漕河废。
小泥河 源于曲阜崇化村。上游为古洙河支流，入境后挟带大量泥沙，水极浑浊，故名。该河由高家村北西流，经谷村、漕河两乡镇入洸府河。全长23.8公里，境内段长9.8公里，流域面积18.3平方公里。
白马河 发源于邹城市东北部老营山及九龙山一带，流向西南，注入独山湖，全长60公里。流经兖州境河段长2公里，境内赵王河(长17公里)、大马沟(长8.5公里)、南泥河(长8公里)汇入白马河，流域面积51.73平方公里。
大安沟 源于谷村镇龙湾店村南，流经大安镇入杨家河。1976年，按照“林网方田化”建设需要，进行改道治理，此沟大部分流经大安镇，故名大安沟。全长14.4公里，流域面积45平方公里。
黄狼沟 原为下元沟，亦称黄浪沟，为赵王河故道。源于宁阳县大孟村附近，西南流向，全长25公里。黄狼沟由河庄村北入境，流经小孟、新驿、颜店、至前张海东汇入济宁市任城区的北跃进沟。境内段长23公里，流域面积82.5平方公里。
中源沟 原作中元沟。自梅家营村西，向南经韩海子、高吴桥、东何村、皇林、堰头、故县村、袁庄、嵫山、翟村、屯头村西南至任城区入洸府河。全长21公里，流域面积51平方公里。
下源沟 为1964年冬于兖州汶上边境处开挖的一条新沟，全长12公里。下源沟自葛家楼村东，经郭家村、袁家村、李宫、毛家村，至马楼西北入任城区境。境内长7公里，流域面积22平方公里。
宁阳沟 发源于宁阳县石集乡银羊山。自梁家庄北入境，南至甄家桥东入洸府河，长2.9公里，流域面积27平方公里。
泉 《滋阳县志》载:城北1里许有三义泉、东北新泉、阙党泉、元对泉、照星泉、惠泉、既济泉、古沟泉8泉。城西北半里许有负瑕泉、上蒋诩泉、下蒋诩泉、西北新泉、纸坊泉、驿后新泉6泉。泉皆以砖石 砌如井状，自城东北绕至城西门北，平政桥西南流入府河。以上14泉，50年代陆续枯竭。