铁路运输实行高度集中，统一管理，各部门严格按照《铁路技术管理规程》协同动作。车务部门的车站是铁路运输与社会各界交往的窗口，因此，货主对货物的托运和提取，旅客的发送与到达都经车站办理。中间环节，则是通过铁路内部的运输、机务、车辆、工务、电务等部门，按照运输管理规程组成的一个庞大的运输网络。在组织运输过程中，调度是组织运输的“龙头”，运输计划下达后，由调度工作人员具体组织指挥，各部门密切配合，协调行动，确保铁路运输畅通无阻，安全正点。
1995年，驻兖州铁路机构有车务、机务、车辆、工务、电务、供水供电等13个部门，29个单位，承担铁路运输管理工作。