境内铁路桥153座，涵洞75座，全长2281米。其中京沪线境内段，桥114座，涵洞27座，新石线境内段，桥34座，涵洞17座，专用线上桥5座，涵洞31座。较大铁路桥主要有6座。
泗河铁路大桥 位于城东南泗河上，全长300米。始建于1911年(清宣统三年)，钢架石墩，南北走向，为单线铁路大桥。1938年1月日军入侵，国民党军队南撤时将大桥炸毁，后修复。解放后几经修建。1974年改建为双线钢架铁桥，桥墩为钢筋混凝土结构。
505立交桥 1989年建成，位于新兖镇豆腐店村北，京沪铁路与327国道交叉处。为钢筋混凝土结构，3柱并列5桥身。桥长31.4米，净高6米，上设铁路线6股。公路下穿，分快慢车道、人行道，宽4+6+6+4米，引道长510米。
北关立交桥 位于新石铁路与兖(州)谷(村)公路交叉处。1988年8月1日建成，为钢筋混凝土结构。桥身长36.33米，净高5米，上设铁路线1股。公路下穿，快车道宽11.224米，慢车道2×5和2×7米，引道长415.5米。
旧关立交桥 位于新石铁路与兖(州)济(南)公路交叉处，城郊乡旧关村北。1986年9月开工，1987年10月竣工。钢筋混凝土结构。桥身长32.16米，净高5.5米，上设铁路线1股。公路下穿，快车道宽11米，慢车道宽2×5米，引道长460米。
牛王立交桥 位于新石铁路与新兴路西首交叉处。1985年8月25日动工，1986年5月1日竣工。为钢筋混凝土结构。桥长30.15米，净高5米。上设铁路线1股，公路下穿，快车道宽8米，慢车道宽2×5米，人行道宽2×5米。引道长300米。
黄屯立交桥 位于黄屯镇西北部，新石线与327国道的交叉处。1985年11月2日顶进施工。为钢筋混凝土结构。桥长23.3米，净高5米，上设铁路线1股。公路下穿，分快慢车道，快车道宽12米，慢车道宽2×5米，引道长450米。1994年1月改造，桥长增至51.3米，快车道宽增至24米。