化工 1983年，漕河乡农具厂投资1万余元建泡花碱生产车间，购置反应罐1台，年生产泡花碱300吨。1985年，泡花碱车间由农具厂分出，成立漕河化工厂。同年5月，兖州镇少陵居委会与青岛泡花碱厂联合，兴办青岛泡花碱厂兖州分厂，投资50万元，购置溶化设备1套、锅炉2台、地上罐2个，年产1万吨。1989年兖州镇石灰厂投资15万元，购置化工生产设备，生产三氯化铝，年产100吨。
1991年，王因农具厂投资200万元，设脂类生产线1条，改称兖州县有机化工厂，主要生产硫酸二甲脂、醋酸丁脂、氨基甲酸氨，销往江西、吉林、辽宁、上海等省市。同年6月，黄屯乡与济宁第一化工厂联营的济宁第一化工厂兖州分厂建成投产。总投资635万元，安装具有90年代水平的精萘生产线，可年产精萘2500吨。10月，兖州县三联公司筹建的红旗化工厂投产，年产无水三氯化铝2.5万吨、硫酸铜800吨。1992年，王因镇后岗村筹建兖州市第二有机化工厂，固定资产360万元，主体设备是蒸馏塔、储藏罐锅炉、反应蒸馏装置，主要生产纯苯、甲苯、溶剂油，年产800吨。
1994年，济宁第一化工厂兖州分厂投资500万元，增置年产3500吨生产线1条，年产精萘5750吨，产品质量达到GB6699-86一级标准，被农业部、化工部命名为全国乡镇百强化工企业。1995年，谷村乡周村投资500万元的皇城精细化工工业公司建成投产，主要产品为工业萘、古马隆，可作为橡胶注剂、增塑剂等，年生产能力为2000吨，产品质量达到国家标准。是年，全市乡镇化工企业达到31处，产值5.9亿元。
医药 1989年，城郊乡北关管理区建兖州县胶丸厂，投资60万元，安装空心胶丸生产线，年产空心胶丸2亿粒，为国家药品包装材料定点厂并取得药品包装合格证书。1991年，大安镇与济宁医学院、济宁化工设计院建兖州化工实验厂，主要产品为苯乙酸，广泛用于医药、农药、香料的中间体，年产苯乙酸300吨，产品达到国际标准。大安镇西北店村与济宁第二制药厂联合投资260万元，兴建新华精细化工厂，由沈阳柱山医药研究所提供技术服务，其主要产品双氯灭痛、二氯苯胺填补了省内空白。
1992年，兖州胶丸厂投资150万元扩大生产规模，形成了年产空心胶丸5亿粒的能力。1993年新华精细化工厂增建片剂车间，主要产品有感冒通、维生素C、地塞咪松、红霉素等片剂。同年，新华精细化工厂改为兖州制药厂。
1995年，全市有乡镇医药工业企业4家，职工201人，年产值8020万元。