兖州市(县)历史上村庄数量变化较大。1672年(清康熙十一年)，全县自然村178个，1886年(清光绪十二年)增至324个。后有所减少。1913年(民国2年)321个，1935年(民国24年)310个。此后由于分村、新建和1948年7月区划调整，境域扩展，自然村大幅度增加。1950年增至500个，1958年达528个。60～80年代，农村增建部分新村和合并部分小村,城区村庄改为城市街道，村庄虽有较大变动,但总数无大增减。1995年有自然村529个。
市境地处平原，村庄分布较均匀。
1995年全市9镇4乡，下设4个街道办事处，55个管理区，分辖16个行政街和495个行政村。各乡镇管理区(办事处)所辖行政村(街)如下:
兖州镇(16个)
东御桥办事处:南顺城街 惠民街 文化东路 韦园街
西御桥办事处:民族街 息马地街 钟楼街
九仙桥办事处:东关街 神路街 邓家窑街 铁路地区家属宿舍
兴隆办事处:兴隆 长安 鼓楼 少陵(原为4个生产大队) 大观门
新兖镇(40个)
北关管理区:北关 红花 旧关 龙桥 楚家洼 牛王 豆腐店 陈家村 傅家楼 古城 琉璃厂 天仙庙
南关管理区:南关 永丰 诸天寺 东关 三河村 西关 新义 赵家村 吴村 刘家岗 李家楼 马家桥
马青管理区:小马青 小官庄 东刘村 戴家村 鲍家林 八里铺 大马青 牛家楼 大雨住 前杨庄 后杨庄 倪家村 后寨子 前寨子 乔家村 于家桥
另有纸坊厂、孙家庄、邵家庙、后窑、中窑、前窑、营房、傅家村、段家村，计49个自然村。
谷村镇(39个)
唐庄管理区:红庙 五圣堂 徐家村 七里铺 南唐家庄 石马 周家村
安丘府管理区:安丘府 史家庄 栗园 谭家村 安家庙 蒿家厂 高家庙 范家林 裴家院
谷村管理区:后谷村 前谷村 两分店 东葛店 黄家庙 杨家村 房家院 邓家村 房家庄
白楼管理区:前白家楼 后白家楼 白家店 龙湾店 高家村
官庄管理区:西垛庄 东垛庄 前官庄 后官庄 大洼 朱家屯 前盛村 后盛村 柳家庙
前、后谷村为1个自然村。另有南邓家村、孔范村、马家村、北唐家庄、北庄，计43个自然村。
漕河乡(31个)
谈家村管理区:左家村 吴家村 薛朱刘 前王庄 后王庄 谈家村 管家口
邴村管理区:谭家岗 歇马亭 北李家村 后邴村 前邴村 后谢家楼 前谢家楼
河南管理区:河南 北张村 后楼 张家庄 庙西 围子
蔡桥管理区:漕河 尚家庄 蔡家桥 罗家店 大厂
曹庄管理区:西厂 东厂 前曹庄 西曹庄 东曹庄 华家厂
前、后谢家楼为1个自然村；东、西厂为1个自然村称小厂，华家厂包括大华家厂、小华家厂、张家华厂、桑家华厂4个自然村。另有包家村、白衣堂、梁家庄、沈罗村、夏家村、李家村，计38个自然村。
大安镇(41个)
大安管理区:大安 小安 罗家屯 二十里铺 西葛店 唐家营 李家宫村 二郎庙 北三官庙 张家楼 西北店 前邢村 后邢村
张家村管理区:张家村 王家村 官路口 尹家村 五炉村 周家楼 曹家洼 前吴村 大胡街 小徐村 宋家庙 阎家村 刘家村 西韩村 大徐村 坊里村
大南铺管理区:大南铺 牛家屯 牟家屯 辛北庄 穆家庙 武家村 夏家村 张陈村 夏家庙 后道义 前道义 张家坡
张陈村包括东张村、陈家村，另有邢家庙、郭家宫村、焦家街、邵家村、小胡街、石家村、赵家胡同，计49个自然村。
小孟乡(42个)
小孟管理区:北安 北门 南门 二村 后小孟 小孟后庄 体仁寨 沙窝 河庄
太平管理区:李楼 太平 沙庄 梅家营 郭家户 侯家店
海子管理区:王海子 李海子 梁家村 李家堂 苏家户
王子管理区:张家王子 白家王子 史家王子 王家王子 陈家王子 肖家王子
桑园管理区:北坡 东桑园 西桑园 李家桥 后桑园 陈家岗 贾家村 胡家函丈 刘家函丈 陶家函丈
吴寺管理区:刘李村 西吴寺 前吴寺 后吴寺 南辛庄 北辛庄
北门、南门、二村为1个自然村，称小孟，前、后吴寺为1个自然村，称东吴寺，另有郭家庄、韩海子、冯家楼、张家庙，计43个自然村。
新驿镇(57个)
新驿管理区:新驿一村 新驿二村 新驿三村 新驿四村 何家村 西何家村 东秦家村 胡营 骆家村 魏家楼
高吴桥管理区:高吴桥一村 高吴桥二村 高吴桥三村 高吴桥四村 毛辛庄 王楼
皇林管理区:东何家村 大庄 后阎楼 朱张村 茶棚 前阎楼 皇林
顿村管理区:东顿村一 东顿村二 东顿村三 西顿村东 西顿村西 堰头河湾
杨家营管理区:杨家营 文兴坡 高庄 后寺 型堂 徐村
郭家村管理区:郭家村 姜家村 西刘家村 袁家村 马家楼
蔡庄管理区:蔡庄 孙家村 葛楼 李家村 官路村 肖家村 苗堂 王府庄 范家窑 张家窑
王堂管理区:王堂 董楼 义和庄 店子街 赵吕 韩马村
新驿一、二、三、四为1个村，何家村西、东为1个村，高吴桥一、二、三、四村为1个村，东顿村一、二、三为1个村，西顿村东、西为1个村。文兴坡包括前、后文兴坡，王堂包括东王堂、西王堂、蔡堂，赵吕包括赵、吕家村。另有半边店、单家庙、王家村、卢家村、张家村，计56个自然村。
颜店镇(37个)
嵫山管理区:颜店 刘胡 南阁 马家海 史家村 颜家村 大嵫阳 西嵫阳 洪庙 嵫山
故县管理区:陈街 窦街 曹街 前王 丁家郗村 赵家郗村 薛家郗村 后郗村 张刘村
李宫管理区:李宫一 李宫二 李宫三 李宫四 西孟家村 大张村 董村 毛家村 夏村
北肖管理区:前北肖 后北肖 蒿庙 杨庄 马楼 仁里村 前张海 后张海 高家庄
颜店、刘胡、南阁为1个村，陈街、窦街、曹街、前王为1个村，李宫一、二为1个村，另有李村、前张村，计33个自然村。
前海乡(29个)
屯头管理区:屯头一 屯头二 屯头三 屯头新村
南彭管理区:南彭 刘家街 韩家街 石家街 周家堌堆 傅家庙 玄帝庙 王桥
袁庄管理区:梁袁庄一 梁袁庄二 侯袁庄 朱袁庄
翟村管理区:翟村一 翟村二 翟村三 翟村四
前海管理区:前海 毛家庙 坊上 胡家街 郭家楼
天齐庙管理区:天齐庙 北王家屯 北丁家庄 孔家屯
屯头一、二、三为1个村，梁袁庄一、二为1个村，翟村一、二、三、四为1个村，另有关路口、李家街、张家庄、北彭家街、霍庄，计28个自然村。
泗庄乡(39个)
五里庄管理区:五里庄 王鲁村 李家湾 易家村 东孟家村 曹阳村 高庙村 韩家楼 李家庙 东韩村 董家村 宋家村 土楼闸
薛家庙管理区:薛家庙 范家堂 范家庄 六里井 刘官庄 任老庄 沈官屯 牛厂 于家村 杨家庄 齐王庙
泗庄管理区:泗庄 沙岗 王家庄 肖家街 广家街 六股路 姜高村 徐家营 南王家屯 顺德楼 程家村 蔡家行 牛家行 张家行 叶家行
另有罗家庄、八里庙、官家庄、陈家庄、王家行，计44个自然村。
黄屯镇(41个)
黄屯管理区:黄屯 蒋屯 茶庵 张厂 于家厂 褚屯 祖营 小辛庄 李屯 孙氏店
稻营管理区:东稻营 西稻营 金家村 老府庄 东张庄 杨厂 黄金屯
二十里铺管理区:南二十里铺 谢家村 西张庄 东岗 岗上 蒜园 庞村 鹅鸭厂 马庄
孙氏闸管理区:孙氏闸 于家屯 丁庄 高汪庄 赵庄 三仙庙
郭营管理区:西郭营 堌城一村 堌城二村 堌城三村 堌城四村 任桥 吴营 卓家村 高刘屯
堌城一、二、三、四村为1个自然村，高刘屯包括高屯、刘屯，另有东庄，计40个自然村。
王因镇(59个)
王因管理区:苏家庄 陈家庄 梁家营 刘台庄 晏家村 官庄 高家村 西王因 王因 街头 郑家坡 韩家坡 前岗 后岗 大辛庄 前竹亭 后竹亭
娄庄管理区:吕家庙 程家街 玉皇庙 东娄庄 西娄庄 仁祖庙 柳沟 辛集 苗营 前仁美庄 中仁美庄 后仁美庄 西仁美庄
沙河管理区:北许 前韩家堂 后韩家堂 南许 储家庄 田家庄 丁家庄 社仓 河口 业庄 沙岗头 周庄 齐家村 娘娘庙
长庆管理区:长庆屯 寺上 魏家庙 孙家楼 陈庄 店子 戏楼 张村 申家街 钱家村 西兴隆庄 前侯家营 后侯家营 东郭家营 史家营
东、西娄庄为1个村，西仁美、中仁美为1个村；辛集含前、后辛集，另有于村、北沟、沿河庄、杨家庄，计62个自然村。
兴隆庄镇(40个)
三官庙管理区:大桥村 冠庄铺 后李家村 前李家村 胜利村 堡子 晾衣井 南三官庙 四竹亭 火神庙 百子堂 兴隆庄 三元村 巨王林
大庙管理区:大岗头 刘家楼 大施村 魏家井 水坑 田家庙 护驾营 刘岗 大庙 雷家厂 和尚堂 澹台墓 南张村
道沟管理区:王家楼 后樊庄 中樊庄 前樊庄 小南湖 大南湖 北湖 前小疃 后小疃 汪家庙 道沟 王庄 桲椤树
胜利村原称汤家林，另有小岗头、小施村、程家行、谢家集，计44个自然村。