清代，境内即有酿造、铸造、卷烟、丝织、中医药等多类手工业作坊。1903年(清光绪二十九年)，城内赵仰献创办琴记雪茄烟厂，有资本1.4万元，手工卷制“琴记牌”雪茄烟。
1928年(民国17年)，老东门里出现了私人创办的利华车行，购置德国造皮带车床1台，以修理自行车为主。30年代初，城内出现了宪记车行、同顺成车行、新鲁铁工厂，官方开办境内第一家雪茄烟厂。开办丝织机房35家，集中于东南城。还有酿酒作坊5家、酱菜作坊9家。1938年，东关外津浦铁路西侧私人开办电灯公司，为境内电力工业之始。1938年1月以后，由于日军侵占兖州，手工业原料短缺，部分作坊倒闭或半倒闭，生产时断时续。抗日战争胜利后，行业有所增加，境内有大、小行业50多个，就业人数约2000余人。
1949年，全县有酿酒厂和发电厂(电灯公司)2个全民所有制企业，另有小型私营企业6家、手工业户314个，生产设备陈旧简陋，只能生产少量饮料酒、食用植物油、小农具等产品。工业总产值162万元，占工农业总产值的9%。为了恢复发展工业和手工业，人民政府采取加工订货，供给原料，代购包销的扶持措施，1952年末，全县工业总产值增至309万元。
1953年，根据中央对农业、手工业、资本主义工商业的社会主义改造的指示，按照自愿互利、典型示范和国家帮助的原则，开始组织手工业者走集体化道路。至1956年，全县共组建手工业合作社19个，县属全民企业10个，基本上完成了工业、手工业社会主义改造。
1955～1957年，集体所有制工业、私营工业、手工业产值有所下降，而这一时期全县工业总产值却稳步增长，充分显示了全民所有制工业的主导作用。1957年，全县共有各类工业企业31个，其中，全民所有制企业13个，集体企业15个，公私合营企业3个；工业总产值555万元，其中，重工业产值322万元，轻工业产值233万元。
在1958年开始的“大跃进”中，工业企业数量猛增，1959年达93个，为1957年的3倍。其中，县直全民所有制企业17个，公社工业60个。盲目追求高指标，大轰大拥，虚报浮夸，不讲经济效益是这一时期工业的特点。全民大炼钢铁，造成人力、物力的巨大浪费，加之轻重工业比例失调，使建国以来健康发展的地方工业受到严重的挫折。
1961年，贯彻中共中央“调整、巩固、充实、提高”国民经济方针，针对工业战线过长，摊子过大、燃料动力缺乏和生产任务不足的情况，对工业企业实行关、停、并、转和职工队伍精简；确定了工业为农业生产和人民生活服务的方向；调整了工业布局，停建、缓建一批新上项目。1965年，全县工业企业调整为47个，工业总产值为3027万元，其中，全民所有制工业占89.8%，重工业占89.8%。
1966～1969年，由于“文化大革命”“左”的错误，一度造成部分企业停工停产，影响了产品产量，但由于一批在建、新建企业相继建成投产，工业产值仍保持一定的增长速度。1967、1968年县建材厂、化肥厂建成投产。1969年底山东拖拉机厂重新上马并列为山东省重点扩建会战工程单位，1972年设产。1970年后筹建和扩建的县化工厂、卷烟厂、磷肥厂、酿造厂、电石厂、玻璃厂、焦化厂、铸造厂、山东电讯六厂、棉机厂等企业相继投产。1978年全县有工业企业130个，其中全民所有制企业34个。工业总产值达21476万元，全民所有制工业占84.4%，重工业占57%。
中共十一届三中全会以后，贯彻国民经济“调整、改革、整顿、提高”的方针。1982年开始逐步推行经济责任制。1984年底，按国家颁布的标准完成了企业整顿达标验收，企业管理趋于标准化、规范化、系列化，促进了工业的发展。是年，工业总产值达30812万元(包括村办工业产值，以下同)。《中共中央关于经济体制改革的决定》公布后，企业间实行了灵活多样的经济联合，县办及乡镇办工业出现了租赁、合作、承包等多种经营形式。至1985年，境内有工业企业147个，其中重工企业69个。省、市属企业有山东拖拉机厂、兖州煤矿机械厂、兖州肉类联合加工厂、兖州毛条厂、兖州缫丝厂、兖州雪茄烟厂等8家。县属全民所有制企业有焦化厂、化肥厂、磷肥厂、化工厂、电影机械厂、农机修造厂、酿酒厂、酿造厂、玻璃厂、毛纺织厂、染织厂、印刷厂等26家。集体所有制企业113家，其中乡镇企业93个。有纺织、酿造、造纸、印刷、玻璃、五金、服装、机械、化工、煤炭、冶金、卷烟、食品等20多个，初步形成了门类较为齐全的工业体系。1986年，工业总产值达42716万元，其中，全民所有制工业占67.4%，集体所有制工业占28.99%；乡镇工业占全县工业总产值的23.8%；重工业产值占工业总产值的37.3%。实现利税358.6万元。
1987年始，在全县范围内开始实行企业第一轮承包，企业内部实行优化组合和职工风险抵押，健全了各项民主管理制度，调整了产品结构，经济效益稳步增长。1989年，全县国营和集体企业163个，其中，中央企业2个，地方国营企业32个，全县工业总产值7.67亿元，比1949年增长337.2倍，比1978年增长1.4倍。1949～1989年，工业总产值平均每年递增15%，工业总产值占工农业总产值的比重由1949年的9%上升到75.1%，乡镇以上工业实现利税6305万元，其中县直工业及乡镇工业实现利税3571万元。在工业企业发展过程中，曾面临资金不足，能源及原材料紧张、市场疲软的局面和一度出现盲目投资、重复上项目的现象，但及时作了调整。
1990年，进一步贯彻中共中央关于治理经济环境，深化改革的方针，顺利完成了第一轮承包，为扭转工业形势作出了艰辛的努力，是年实现总产值84889万元，比上年增长10.9%。
1991年后，工业生产开始由计划经济大踏步向市场经济过渡，激烈的市场竞争，使市直企业集中暴露了长期积累的问题，大部分企业负债经营。化肥厂、玻璃厂、毛纺厂等一批国有企业出现了不同程度的停产。1993年，41个市直企业中16个企业亏损，亏损总额为11662万元。1994年，亏损企业减至5个，亏损额降至2740万元，对资不抵债的化肥厂筹划破产。这一时期乡镇企业保持了良好的发展势头，产值、效益同步增长。1995年，全市有工业企业3287个，完成工业总产值129.16亿元，实现利税6.74亿元。其中，中央、省、市属企业6个，总产值5.86亿元；市直工业企业49个，工业总产值56822万元，利税4781万元；乡办企业132个，总产值50.97亿元，利税6.01亿元；村及村以下企业3100个。一些企业呈现产销下滑的苗头，兖州工业企业正面临市场经济的严竣考验。