清康熙年间，全县划分为24社。1886年(清光绪十二年)社上设乡，全县划分4乡、24社。东德政乡6社：东大南社、西大南社、漕河社、北高吴社、东白社、顿村社。南进贤乡6社：南辛王社、西辛王社、北辛王社、南砂堆社、北砂堆社、马青社。西仁义乡6社：南李宫社、北李宫社、东土娄社、西土娄社、旧县社、进贤社。北达巷乡6社：吴寺社、东邢安社、西邢安社、南高吴社、东隅社、南隅社。
民国初年沿袭，设4乡24社(一度称社区)，城区增设东北、东南、西南、西北4隅。
1928年，全县设6区，49乡镇。日军入侵后及国民党政府统治时期至兖州解放，行政区划基本未动。城厢为一区，辖惠民、永安、奎文、太和、四通、三河6镇，临曲、泗东2乡。达巷为二区，辖太平、高吴、小孟、滕村、新嘉5镇，漕河、达巷、型堂、函丈、万福5乡。嵫山为三区，辖故县1镇，旧县、顿丘、李宫、中和、仁里、嵫山、明秀、坊右8乡。瑕丘为四区，辖谷村、官庄2镇，竹林、尚古、瑕丘、百寿、桑园5乡。临洙为五区，辖大安1镇，德政、和圣、进贤、鸣珂、临洙、孝友6乡。乘丘为六区，辖娄公、王因2镇，中兴、郯子、乘丘、陋地、苑庄、乐善6乡。
兖州市1913年政区图
1944年10月，兖济县抗日民主政府建立，有3个活动区。抗战胜利后，兖济县抗日民主政府改为兖济县民主政府。随着形势的发展，新区的扩大，兖济县辖区有较大变化。1946年2月初辖三、四、五3个区，调整区划后，辖二区(泗庄)、三区(长庆)、四区(仲浅)、五区(南贯集)、六区(王因)、七区(嵫山)、八区(新驿)、九区(谷村)8个区。4月，兖济县改称滋阳县，辖二、三、六、七、八、九计6个区。
1948年7月兖州解放，城区设立兖州市，辖第一、第二、第三3个区，永安1个镇。乡村仍为滋阳县，辖泗庄、长庆、王因、嵫山、新驿、大安6个区。同年12月市并入县。市区改为城关区，辖民主、胜利、东关、西关4个镇。
1949年7月增设太平、漕河2个区，全县划分为城关、泗庄、长庆、王因、嵫山、新驿、大安、漕河、太平9个区，下设83个联防组织。
1950年11月，区名由地名称谓改为序号称谓。12月，撤销联防，改设乡镇。1951年3月，全县设9个区86个乡(镇)。其中，第一区辖北关、南关2个乡和东关、西关、长安、兴隆、胜利、鼓楼、民主、永安8个镇。第二区辖官庄、盛村、大厂、蔡桥、白家楼、谷村、高家庙、安家庙、唐家庄9个乡。第三区辖左家村、歇马亭、甄家桥、邴村、大安、西北店、辛北庄、张家村、道义、周家楼10个乡。第四区辖太平、海子、河庄、小孟、王子、桑园、辛庄、吴寺、店子9个乡。第五区辖高吴桥、皇林、东顿村、新驿、西顿村、姜家村、型堂、郭家村、李宫9个乡。第六区辖故县、袁庄、翟村、屯头、郗村、颜店、嵫山、孟家村、北肖9个乡。第七区辖朝阳、五里庄、八里铺、稻营、薛家庙、泗庄、天齐庙、程家村、徐家营、傅家庙10个乡。第八区辖韩堂、河口、柳沟、娄公集、岗上、任桥、孙氏闸、黄屯、王因9个乡。第九区辖牛家楼、兴隆庄、胜利、大庙、张家村、樊庄、道沟、杨庄、寨子、孙家楼、长庆11个乡。
1955年11月4日，第一区改为城关区，第二区改为漕河区，第三区改为大安区，第四区改为河庄区，第五区改为新驿区，第六区改为嵫山区，第七区改为泗庄区，第八区改为王因区，第九区改为道沟区。1956年春，撤销河庄区，同时将86个乡(镇)调整为78个乡(镇)。
1956年8月，将78个乡(镇)调为18个大乡。城关区改为城关镇，全县为1镇7区。其中，城关镇辖第一、第二、第三3个街道办事处和13个农业生产合作社；漕河区辖安丘府、垛庄2乡；大安区辖歇马亭、甄家桥、张家村3乡；新驿区辖新嘉驿、蔡庄、小孟3乡；嵫山区辖郗村、颜村店、毛家庙3乡；泗庄区辖五里庄、泗庄2乡；王因区辖王因、黄屯2乡；道沟区辖杨庄、三官庙、道沟3乡。同年11月，再次调整区划。区辖18乡改划为垛庄、谷村、安丘府、大安、甄家桥、歇马亭、张家村、新驿、型堂、蔡庄、小孟、郗村、袁庄、毛家庙、颜村店、泗庄、五里庄、黄屯、王因、柳沟、杨庄、三官庙、道沟23乡。城关镇未动。
1958年3月撤区，全县设1镇23乡。同年8月，在人民公社化运动中，撤销乡镇建置，成立东风(城关)、上游(大安)、共产主义(新驿)、幸福之路(泗庄)、红旗(王因)、五星(道沟)6处人民公社，下设45个生产管理区。
1958年11月11日，曲阜、滋阳两县合并，1962年1月10日分治。同时调整行政区划，全县设城关、谷村、大安、小孟、新驿、颜店、泗庄、黄屯、王因、道沟10处人民公社，辖72个生产管理区(片)。1966年8月，增设城关镇，将10处人民公社改为10个区，72个生产管理区改为77个人民公社，实行区辖人民公社制。1969年4月撤区改设人民公社，原区辖的人民公社改为生产管理区。1972年1月调整区划，增设漕河、红星两处人民公社，此时县辖1个镇12处人民公社。1982年1月增设店子、娄庄两处人民公社。全县计1个镇14个人民公社。
1984年5月行政体制改革，撤销人民公社，恢复区镇建制，同时撤销店子、娄庄两处人民公社。全县设1个镇12个区，辖4个街道办事处和37个小乡(镇)。其中，兖州镇辖西御桥、东御桥、九仙桥、兴隆4个街道办事处；城郊区辖北关、南关、马青3个乡；谷村区辖谷村、官庄、安丘府3个乡；漕河区辖蔡家桥、谈家村、邴村3个乡；大安区辖大安镇和张家村、大南铺2个乡；小孟区辖小孟、桑园、王子3个乡；新驿区辖新驿镇和蔡庄、顿村2个乡；颜店区辖颜店镇和孟村、故县2个乡；红星区辖前海、袁庄、屯头3个乡；泗庄区辖顺德楼、薛家庙、五里庄3个乡；黄屯区辖黄屯、孙氏闸、南二十里铺3个乡；王因区辖王因镇和长庆、娄庄、沙河3个乡；道沟区辖大庙镇和三官庙、道沟2个乡。
1986年12月撤区，实行乡镇建制。全县设城郊、谷村、漕河、小孟、前海(原红星)、黄屯、堡子(原道沟)8个乡；兖州、大安、新驿、颜店、王因5个镇。乡镇下辖4个街道办事处，37个管理区。后陆续调整、增设部分管理区。1992年4月，堡子乡改为兴隆庄镇，1994年11月，城郊乡改为新兖镇，1995年12月，黄屯乡、谷村乡分别改为黄屯镇、谷村镇。是年，全市设9个镇，4个乡，辖55个管理区，4个街道办事处。