在宋、金、元时期，由于社会动乱和政治斗争等原因，对孔氏家族的嫡裔承袭
有所影响，出现了南北宗问题。
北宋末年，金兵入主中原。康王赵构南迁，在临安(今杭州)建立了南宋政权。
1128年(建炎二年)48代衍圣公孔端友去扬州陪祀未归，定居衢州。端友无子，则由其
弟端操的长子孔玠承袭， 其后有孔搢、孔文远、孔万春、孔洙等6代，依次承袭南宋
王朝衍圣公的封号，形成孔氏家族的南宗。
北宗在承袭问题上变化比较大。1130年(金天会八年)金在汴京建立傀儡政权，
立刘豫为大齐皇帝。次年，刘豫封端操次子孔璠为衍圣公，主孔子祀事。伪齐政权垮
台后，金帝仍封孔璠为衍圣公。后又由其长子孔拯、次子孔承袭，再由子元措承袭，
形成孔氏北宗。
蒙古族在北方兴起，孔元措随金宣宗迁往汴京，由其族兄孔元用暂主曲阜祀事。
1225年(宋宝庆元年)宋兵收复山东，以孔元用为衍圣公。次年，由其子孔之全承袭。
蒙古兵占领曲阜后，仍以孔之全为衍圣公。这时，南宋、金、蒙古3朝各有1个衍圣公。
1233年(蒙古太宗五年)蒙古兵攻陷金汴京后，仍命孔元措袭封，返曲主庙祀，孔之全
则专尹曲阜县事。孔元措年老无子，将其弟元纮的孙子孔浈抚育为嗣 (孔浈系元纮之
子孔之固的侧室所生，后其母带孔浈改嫁给驱口李氏，孔浈长大后，由孔元措领回抚
养) 。孔浈袭爵后，终日游猎，不认真祭祀，引起孔氏族人的不满。族人联名上书皇
帝，说孔浈不是孔子后裔，而是驱口李氏之子。1252年(宪宗二年)，皇帝下诏免去孔
浈衍圣公封号，但又没确定新的承袭人，至此，北宗承袭暂时中断。
元灭南宋后，1282年(至元十九年)元世祖忽必烈将孔洙召至京师，查询嫡裔承
袭之事， 孔洙表示愿让位于住在曲阜的北宗。至此，并存了100多年的南北宗问题才
告结束。
1295年(元贞元年)，元成宗封孔治(孔之全之子)为衍圣公，后由其子思诚承袭。
1315年(延祐二年)孔氏族人又上书皇帝，说思诚是庶支，而思晦才是正支。皇帝亲自
查谱牒，于次年罢思诚而改封思晦。此后，恢复了正常的嫡长承袭制。
46至54代世系表
46 宗愿
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47 若蒙 若虚 若愚
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48 端友 端操 端立
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49 玠 璠 琥
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50 搢 拯 摠 拂
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51 文远 元措 元宏 元孝 元用
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52 万春 之固 之厚 之全
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53 洙 浈 浣 治
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54 思晦 思诚