汶上河流属淮河流域京杭运河水系。流经边界的有京杭运河、大汶河。内河主要有小汶河、泉河、排渗河、小新河。内河水系比较完整，但标准偏低。逢有特大暴雨，农业生产仍受水涝威胁。
京杭运河 是世界上规模最大、开掘最早的人工运河。流经汶上西境的河段原名济州河，始凿于元至元二十年(1283)，逐步完善于明清二代。其由济宁市效区自汶城西南寺前铺村入县境，西北经大店子、柳林、南旺、十里闸、五里堡、开河、刘口、袁口等村，至靳口村入东平县界（建国后，开河以北划入梁山县），境内流程35.5公里。清光绪二十七年(1901)罢漕运，河道渐废，但自袁口至济宁仍可通航。1959年11月，为避水害，将小汶河上游筑坝堵复，运河水源断绝，遂致干涸。
1959年新掘大运河梁济运河段（经济宁、嘉祥、汶上、梁山），全长88公里，流经汶上西南界12公里，东距南旺老运河分水口4公里。年提水量可达360万立方米，为汶上县排水咽喉。由于防洪除涝标准低，每遇大雨，对小汶河、泉河、排渗河顶托严重，往往形成内涝。
大汶河 源于莱芜县原山之阳，南合牟汶、北汶、石汶、柴汶，至大汶口折转西行，流经汶上北部边境（琵琶山至泗汶西小汶河拦河坝）15.3公里，为汶上县与肥城县、东平县界河。河道地势高亢，雨季水流湍急，安全防洪泄量7000秒立方米。河槽口最宽处（琵琶山）846米，最窄处（孔庄）560米。河底海拔高程51.2～58米，较汶上城地面高约10米，较南旺湖底高约15米。历史上曾多次泛滥为害。元至元二十年(1283)以后，被引为大运河山东段主要水源之一，但泛滥之灾仍有发生。
建国后，经24次培堤，22次砌石护岸（包括修埽等），为害乃止。1975年11月、1977年3月，县委、县革委带领人民开挖了琵琶山引汶灌溉渠和松山引汶灌溉渠，使之变为汶上县北部及东部引水灌溉和地下水回灌的主要水源，年引水量约计741.8万立方米。但由于其河高势大，仍为汶上防汛抗险的主要对象。
小汶河 自东北至西南，纵贯汶上县境。历史上曾为县内通航和引汶济运发挥过重大作用。小汶河为大汶河分支。形成年代久远，各段河道和名称也几经变易，难以详考。据北魏郦道元《水经注》载：“汶水自桃乡（今南陶村一带一编者）四分，当其派别之处谓之泗汶口（今戴村坝附近一编者）。其左（南）二水双流，南至无盐县之郈乡城（在今汶上北部一编者）南……汶水又西合为一水，西南入茂都澱（陂水之异名也）。（按茂都澱即南旺湖一编者），澱水西南谓之巨野沟，又西南经致密城（古中都城，在今南旺北湖口一带一编者）南。”《山东运河备览》载：“由戴村南流谓之鲁沟（一名席桥河）。又西南流至县城北2里，受蒲湾泊之水谓之草桥河。又西南流10里谓之白马河。又西南流20里谓之鹅河（鹅河故宋运道也，涸而为渠，汶水由之）。又西南15里谓之黑马沟（亦名圣泉河）。又西南注于南旺湖。”
《水经注》所载自泗汶口西南流纵贯县境的汶水，为境内古汶水支流。《山东运河备览》所载汶水，即为明永乐九年(1411)工部尚书宋礼纳白英（有传）之策，用于引汶济运而至今犹存的小汶河。两相比较，只有部分河段和名称有所变易。以此可知，宋礼、白英所开小汶河，是在旧河道基础上疏浚改造而成。其自戴村坝逶迤西南，中经城西草桥、何湾等村，至南旺分流入运河，全长40余公里。
清末罢漕运，小汶河被弃置。复经民国战乱破坏，时常决口成灾。1959年11月，经省地批准，将其下游自中王庄改道入梁济运河，同时将上游入口处筑坝堵复。1962年复将北泉河上游的东西支流改道入小汶河。改道后（上自魏阳桥，下至梁济运河入口处）全长68公里。魏阳桥上接宁阳县河道8.9公里。总流域面积238平方公里。河道弯曲迂回，滩浅而宽（100～500米）。全线大湾20余处，有“三湾不离温口”、“三湾不离路庄”、“三湾不离孙口”之说。中泓河槽呈“S”形行进，泄水不畅。承受客水量多年平均1234.9万立方米。支流有大庄沟、马踏湖沟。
泉河 位于小汶河东，纵贯县境南北，为全县主要排涝、回灌河道。分南、北泉河和总泉河三部分。
北泉河。源于汶上县东北部丘陵区龙斗、鸡爪、老源头等泉。原为明永乐年间开发疏导的济运辅助工程之一。《泉河史·陈侃龙斗泉记略》载：“东宫尚书郎乔君廷仪，奉命督浚东泉，委出灌闸抵汶阳（汶上）之东北。越四十里许澄泺铛山，见怪石特出，坚壤蹲起，有泉一泓，涓涓南泻……又西迤三里至龙斗泉，泉脉鼎沸，若两虬相击……于是顺势于自然，命官集众，操闸称畚，浚源沂流，决排壅塞，使由鲁沟（小汶河）入会通河（运河）”。原河经赵桥、曹营、大屯桥，至波浪桥分为二支。一支西流经路家桥、崔家桥，于草桥东提前入汶济运（此支现已不存），一支南流入蒲湾泊，又南至汶城北与西泺泉、旧泺泉汇流，环城后（护城河）由西南隅出坝口桥，西南注鹅河入蜀山湖济运。1962年，将其上游东、西两支改道入小汶河。改道后，河长31.8公里，流域面积220平方公里（包括宁阳8平方公里）。承接宁阳客水多年平均94.1万立方米。为汶上历史上农业、酿造业主要水源。郭洼沟、八里沟、孙庄户沟、黑泥沟、长桥沟、大寨沟、红心河沟为其支流。
南泉河。据清康熙十三年(1649)续修《汶上县志》载：“新开马庄泉，距城（东南）18里，出马庄流15里，至柳杭头泊而散。前志虽载，犹为废泉。清康熙十三年，知县孟遇时奉行查理，纳举人路光岱议，督浚疏壅挑淤，泉始涌，并旁搜得泉二十有四，浚而西流，入蜀山湖济运”。此为南泉河形成之始。1964年整修，上游延伸至界牌，下延至鹅河注入总泉河，长24.5公里。流域面积231平方公里（包括宁阳县55.7平方公里，兖州县9.3平方公里）。承接宁阳、兖州两县客水年均737.5万立方米。支流有黄洼沟、潘家洼沟、泉家洼沟、朱家洼沟、陈村沟。
总泉河。自鹅河汇南北泉河西南流，原注入蜀山湖济运。1959年后下游延至南旺镇大店子西南入梁济运河，长11公里。支流有红沙河、高家河、石村洼沟、大沟洼沟。
清末罢漕运后，因荒于治理，上游所源诸泉陆续湮塞，南北泉河遂变为接受和排泄地表水的季节性河道。
排渗河 全名湖东渗河。源于东平县吴家漫，南至嘉祥县刘口入梁济运河。1960年，由汶上、东平两县开挖。主要用于东平湖东排渗与汶上西部排水。全长47公里，总流域面积337.7平方公里。其中汶上境内长14公里，流域面积103.5平方公里。支流有唐河、安流渠。
小新河 1973年开挖。东自康驿乡谭庄，西至长沟西入梁济运河。为汶上与济宁边界的排水河道。长8公里，流域面积21平方公里。支流有肖家洼沟、康南洼沟。
第三节 河流
汶上河流属淮河流域京杭运河水系。流经边界的有京杭运河、大汶河。内河主要有小汶河、泉河、排渗河、小新河。内河水系比较完整，但标准偏低。逢有特大暴雨，农业生产仍受水涝威胁。
京杭运河 是世界上规模最大、开掘最早的人工运河。流经汶上西境的河段原名济州河，始凿于元至元二十年(1283)，逐步完善于明清二代。其由济宁市效区自汶城西南寺前铺村入县境，西北经大店子、柳林、南旺、十里闸、五里堡、开河、刘口、袁口等村，至靳口村入东平县界（建国后，开河以北划入梁山县），境内流程35.5公里。清光绪二十七年(1901)罢漕运，河道渐废，但自袁口至济宁仍可通航。1959年11月，为避水害，将小汶河上游筑坝堵复，运河水源断绝，遂致干涸。
1959年新掘大运河梁济运河段（经济宁、嘉祥、汶上、梁山），全长88公里，流经汶上西南界12公里，东距南旺老运河分水口4公里。年提水量可达360万立方米，为汶上县排水咽喉。由于防洪除涝标准低，每遇大雨，对小汶河、泉河、排渗河顶托严重，往往形成内涝。
大汶河 源于莱芜县原山之阳，南合牟汶、北汶、石汶、柴汶，至大汶口折转西行，流经汶上北部边境（琵琶山至泗汶西小汶河拦河坝）15.3公里，为汶上县与肥城县、东平县界河。河道地势高亢，雨季水流湍急，安全防洪泄量7000秒立方米。河槽口最宽处（琵琶山）846米，最窄处（孔庄）560米。河底海拔高程51.2～58米，较汶上城地面高约10米，较南旺湖底高约15米。历史上曾多次泛滥为害。元至元二十年(1283)以后，被引为大运河山东段主要水源之一，但泛滥之灾仍有发生。
建国后，经24次培堤，22次砌石护岸（包括修埽等），为害乃止。1975年11月、1977年3月，县委、县革委带领人民开挖了琵琶山引汶灌溉渠和松山引汶灌溉渠，使之变为汶上县北部及东部引水灌溉和地下水回灌的主要水源，年引水量约计741.8万立方米。但由于其河高势大，仍为汶上防汛抗险的主要对象。
小汶河 自东北至西南，纵贯汶上县境。历史上曾为县内通航和引汶济运发挥过重大作用。小汶河为大汶河分支。形成年代久远，各段河道和名称也几经变易，难以详考。据北魏郦道元《水经注》载：“汶水自桃乡（今南陶村一带一编者）四分，当其派别之处谓之泗汶口（今戴村坝附近一编者）。其左（南）二水双流，南至无盐县之郈乡城（在今汶上北部一编者）南……汶水又西合为一水，西南入茂都澱（陂水之异名也）。（按茂都澱即南旺湖一编者），澱水西南谓之巨野沟，又西南经致密城（古中都城，在今南旺北湖口一带一编者）南。”《山东运河备览》载：“由戴村南流谓之鲁沟（一名席桥河）。又西南流至县城北2里，受蒲湾泊之水谓之草桥河。又西南流10里谓之白马河。又西南流20里谓之鹅河（鹅河故宋运道也，涸而为渠，汶水由之）。又西南15里谓之黑马沟（亦名圣泉河）。又西南注于南旺湖。”
《水经注》所载自泗汶口西南流纵贯县境的汶水，为境内古汶水支流。《山东运河备览》所载汶水，即为明永乐九年(1411)工部尚书宋礼纳白英（有传）之策，用于引汶济运而至今犹存的小汶河。两相比较，只有部分河段和名称有所变易。以此可知，宋礼、白英所开小汶河，是在旧河道基础上疏浚改造而成。其自戴村坝逶迤西南，中经城西草桥、何湾等村，至南旺分流入运河，全长40余公里。
清末罢漕运，小汶河被弃置。复经民国战乱破坏，时常决口成灾。1959年11月，经省地批准，将其下游自中王庄改道入梁济运河，同时将上游入口处筑坝堵复。1962年复将北泉河上游的东西支流改道入小汶河。改道后（上自魏阳桥，下至梁济运河入口处）全长68公里。魏阳桥上接宁阳县河道8.9公里。总流域面积238平方公里。河道弯曲迂回，滩浅而宽（100～500米）。全线大湾20余处，有“三湾不离温口”、“三湾不离路庄”、“三湾不离孙口”之说。中泓河槽呈“S”形行进，泄水不畅。承受客水量多年平均1234.9万立方米。支流有大庄沟、马踏湖沟。
泉河 位于小汶河东，纵贯县境南北，为全县主要排涝、回灌河道。分南、北泉河和总泉河三部分。
北泉河。源于汶上县东北部丘陵区龙斗、鸡爪、老源头等泉。原为明永乐年间开发疏导的济运辅助工程之一。《泉河史·陈侃龙斗泉记略》载：“东宫尚书郎乔君廷仪，奉命督浚东泉，委出灌闸抵汶阳（汶上）之东北。越四十里许澄泺铛山，见怪石特出，坚壤蹲起，有泉一泓，涓涓南泻……又西迤三里至龙斗泉，泉脉鼎沸，若两虬相击……于是顺势于自然，命官集众，操闸称畚，浚源沂流，决排壅塞，使由鲁沟（小汶河）入会通河（运河）”。原河经赵桥、曹营、大屯桥，至波浪桥分为二支。一支西流经路家桥、崔家桥，于草桥东提前入汶济运（此支现已不存），一支南流入蒲湾泊，又南至汶城北与西泺泉、旧泺泉汇流，环城后（护城河）由西南隅出坝口桥，西南注鹅河入蜀山湖济运。1962年，将其上游东、西两支改道入小汶河。改道后，河长31.8公里，流域面积220平方公里（包括宁阳8平方公里）。承接宁阳客水多年平均94.1万立方米。为汶上历史上农业、酿造业主要水源。郭洼沟、八里沟、孙庄户沟、黑泥沟、长桥沟、大寨沟、红心河沟为其支流。
南泉河。据清康熙十三年(1649)续修《汶上县志》载：“新开马庄泉，距城（东南）18里，出马庄流15里，至柳杭头泊而散。前志虽载，犹为废泉。清康熙十三年，知县孟遇时奉行查理，纳举人路光岱议，督浚疏壅挑淤，泉始涌，并旁搜得泉二十有四，浚而西流，入蜀山湖济运”。此为南泉河形成之始。1964年整修，上游延伸至界牌，下延至鹅河注入总泉河，长24.5公里。流域面积231平方公里（包括宁阳县55.7平方公里，兖州县9.3平方公里）。承接宁阳、兖州两县客水年均737.5万立方米。支流有黄洼沟、潘家洼沟、泉家洼沟、朱家洼沟、陈村沟。
总泉河。自鹅河汇南北泉河西南流，原注入蜀山湖济运。1959年后下游延至南旺镇大店子西南入梁济运河，长11公里。支流有红沙河、高家河、石村洼沟、大沟洼沟。
清末罢漕运后，因荒于治理，上游所源诸泉陆续湮塞，南北泉河遂变为接受和排泄地表水的季节性河道。
排渗河 全名湖东渗河。源于东平县吴家漫，南至嘉祥县刘口入梁济运河。1960年，由汶上、东平两县开挖。主要用于东平湖东排渗与汶上西部排水。全长47公里，总流域面积337.7平方公里。其中汶上境内长14公里，流域面积103.5平方公里。支流有唐河、安流渠。
小新河 1973年开挖。东自康驿乡谭庄，西至长沟西入梁济运河。为汶上与济宁边界的排水河道。长8公里，流域面积21平方公里。支流有肖家洼沟、康南洼沟。