县境内河流北宋以前属淮河水系。1194年（金明昌五年），黄河决于阳武，洪水东流，至徐州入泗注淮，境内河流属黄河水系。1855年（清咸丰五年），黄河在河南兰阳县铜瓦厢决口，改道北流，夺大清河至利津入渤海，境内河流复属淮河水系。
县境内共有河流35条，境内总长362.3公里，河水由西向东或由北向南流入南四湖，注入淮河。主要河流有：
梁济运河 即京杭大运河梁山至济宁段。干流源于黄河南岸梁山县路那里村，流经梁山、嘉祥、汶上，于济宁市郊区李集西南入南阳湖。全长88公里，河底宽40米，流域面积3306平方公里，其中嘉祥县境内长15.2公里，流域面积393.1平方公里。
洙水河 起源于巨野县十里铺，流经嘉祥县，于济宁市郊区唐口镇的路口村入南阳湖。全长48.5公里，流域面积571平方公里，其中嘉祥县境内长28.5公里，流域面积75平方公里。河底宽9～29米。属常流河。
洙水河名称出自《禹贡》“大野既潴”。该河原为古河道济水之分支，后疏导成河，名为“潴水河”。1949年后，演为洙水河。因流经澹台山下，也称澹台河。由长澹纸坊到旧济宁县段还称长澹河。
洙赵新河 发源于菏泽地区东明县穆庄西，流经郓城、巨野、嘉祥，于济宁市郊区的刘官屯东北入南阳湖。全长140.7公里，流域面积4206平方公里，其中嘉祥县境内长28.5公里，流域面积75平方公里。河底宽165～167米。属常流河。
该河是因赵王河和洙水河改道而开挖的一条新河，故取名洙赵新河。
蔡河 源于仲山乡狼山屯村西，流经巨野、金乡，于济宁市郊区东邵乡的张官屯入北大溜。全长34.9公里，流域面积254平方公里，其中嘉祥县境内长约13公里，流域面积约140平方公里。河底宽5～10米。属常流河。
此河传说为明朝清凉寺僧人从河道运菜而开挖，故名菜河，后演为蔡河。
郓城新河 起源于郓城唐店村西，流经嘉祥、梁山两县边界入梁济运河。全长29公里，其中嘉祥县境内长13.5公里。河底宽15.9～18.5米。
老赵王河 起源于马村乡楚营村西南，于马集乡东秦村出县境，至济宁市郊区棒李村入洙水河。全长44公里，流域面积94.5平方公里，其中嘉祥县境内长26公里，流域面积60.9平方公里，河底宽5～6米。属季节性河流。
赵王河前身为古灉水，属济水分支。北宋神宗年间（1068～1086），王安石变法，积极推行农田水利新法，曾予以开挖。因宋帝为赵姓，后人取名赵王河。今分新、老赵王河。
新赵王河 发源于巨野县沙土集，流经嘉祥，于济宁市郊区长沟镇水牛陈村入梁济运河。全长29.3公里，流域面积424平方公里。嘉祥县境内长26.8公里，流域面积340平方公里。河底宽5～36米。属常流河。
1959年冬，赵王河改道，为区别老赵王河而命名为新赵王河，也称赵王河。
红旗河 原名牛头河，全长21公里。河底宽10～28米，流域面积143平方公里。1970年冬，对牛头河进行综合治理，自老韩桥以上至金庄全部为平地开挖新河。因1970年秋，县委在水利建设上提出“高举红旗，迎着曙光，胜利前进”的口号，故将疏浚开挖后的牛头河改名为红旗河。
前进河 原为护山排水沟，起源于马村乡何店村西，向南流经梁海、护山、赵庄村西折向东南，绕县城西南角护城河东南行，穿兖兰公路于杜庄西入洙水河，全长16公里，河底宽10米，流域面积59.5平方公里。1964年，对护山排水沟下游进行改道，自赵庄西北起，向南穿兖兰公路至嘉祥村北入洙水河。1974年冬至1975年春，对护山排水沟进行综合治理后，改名为前进河。
薛翁岔 起源于巨野县夏官屯乡姚桥西，于大山头镇南马官屯入洙水河。全长19.5公里，嘉祥县境内长12.3公里，河底宽15米。属季节性河流。
牛官屯河 起源于孟姑集乡阎楼村南，于大山头镇苏营村西入洙水河，全长12公里，河底宽9米，流域面积49平方公里。属季节性河流。
新扭头河 起源于万张乡狄楼村东北，与新、老赵王河沟通，于袁王村东南入老赵王河。全长6.1公里，河底宽5米。属季节性河流。
据考证：该河为明朝初年徐达所倡开，因老扭头河在姜庄折向东南，故称扭头河。1951年进行改道治理，定名新扭头河，也称牛头河。
靳庄河 起源于老僧堂乡北周庄西北，于前靳村南入新赵王河。全长12公里，河底宽10～15米，流域面积40.6平方公里。属季节性河流。
护山河 西起护山村南，与前进河沟通，南于新挑河乡南王村西入洙水河。全长6公里，流域面积21平方公里，河底宽5米。属季节性河流。
新建引河 西源红旗河，于桐庄乡新建村北东折入梁济运河。全长6.42公里，流域面积17.2平方公里，河底宽5米。
小王河 起源于王堌堆乡茹庄村东，于济宁市郊区兴福集西入蔡河。全长6.6公里，流域面积33.5平方公里。嘉祥县境内长4.1公里，流域面积26.4平方公里，河底宽5米。属常流河。
小王河改道 西起纸坊镇东纸坊村，东于王堌堆乡徐庄入洙水河，全长8公里，河底宽5米，流域面积22.5平方公里。属季节性河流。
友谊河 北起薛翁岔，南入洙赵新河。全长5.7公里，流域面积16.1平方公里。
袁庄沟 起源于郓城县黄堆集乡杨庄，于袁庄东入嘉祥县境，流经老僧堂乡，于孟姑集乡赵垓桥西约1.5公里处入新赵王河。全长12.9公里，河底宽7～15米，流域面积77平方公里，嘉祥县境内长6.1公里，流域面积31平方公里。
导流河 北起洙赵新河王庙桥东，南止巨野县核桃园乡蔡河。全长5公里，河底宽20米，嘉祥县境内长4公里。属常流河。
第三节 河流
县境内河流北宋以前属淮河水系。1194年（金明昌五年），黄河决于阳武，洪水东流，至徐州入泗注淮，境内河流属黄河水系。1855年（清咸丰五年），黄河在河南兰阳县铜瓦厢决口，改道北流，夺大清河至利津入渤海，境内河流复属淮河水系。
县境内共有河流35条，境内总长362.3公里，河水由西向东或由北向南流入南四湖，注入淮河。主要河流有：
梁济运河 即京杭大运河梁山至济宁段。干流源于黄河南岸梁山县路那里村，流经梁山、嘉祥、汶上，于济宁市郊区李集西南入南阳湖。全长88公里，河底宽40米，流域面积3306平方公里，其中嘉祥县境内长15.2公里，流域面积393.1平方公里。
洙水河 起源于巨野县十里铺，流经嘉祥县，于济宁市郊区唐口镇的路口村入南阳湖。全长48.5公里，流域面积571平方公里，其中嘉祥县境内长28.5公里，流域面积75平方公里。河底宽9～29米。属常流河。
洙水河名称出自《禹贡》“大野既潴”。该河原为古河道济水之分支，后疏导成河，名为“潴水河”。1949年后，演为洙水河。因流经澹台山下，也称澹台河。由长澹纸坊到旧济宁县段还称长澹河。
洙赵新河 发源于菏泽地区东明县穆庄西，流经郓城、巨野、嘉祥，于济宁市郊区的刘官屯东北入南阳湖。全长140.7公里，流域面积4206平方公里，其中嘉祥县境内长28.5公里，流域面积75平方公里。河底宽165～167米。属常流河。
该河是因赵王河和洙水河改道而开挖的一条新河，故取名洙赵新河。
蔡河 源于仲山乡狼山屯村西，流经巨野、金乡，于济宁市郊区东邵乡的张官屯入北大溜。全长34.9公里，流域面积254平方公里，其中嘉祥县境内长约13公里，流域面积约140平方公里。河底宽5～10米。属常流河。
此河传说为明朝清凉寺僧人从河道运菜而开挖，故名菜河，后演为蔡河。
郓城新河 起源于郓城唐店村西，流经嘉祥、梁山两县边界入梁济运河。全长29公里，其中嘉祥县境内长13.5公里。河底宽15.9～18.5米。
老赵王河 起源于马村乡楚营村西南，于马集乡东秦村出县境，至济宁市郊区棒李村入洙水河。全长44公里，流域面积94.5平方公里，其中嘉祥县境内长26公里，流域面积60.9平方公里，河底宽5～6米。属季节性河流。
赵王河前身为古灉水，属济水分支。北宋神宗年间（1068～1086），王安石变法，积极推行农田水利新法，曾予以开挖。因宋帝为赵姓，后人取名赵王河。今分新、老赵王河。
新赵王河 发源于巨野县沙土集，流经嘉祥，于济宁市郊区长沟镇水牛陈村入梁济运河。全长29.3公里，流域面积424平方公里。嘉祥县境内长26.8公里，流域面积340平方公里。河底宽5～36米。属常流河。
1959年冬，赵王河改道，为区别老赵王河而命名为新赵王河，也称赵王河。
红旗河 原名牛头河，全长21公里。河底宽10～28米，流域面积143平方公里。1970年冬，对牛头河进行综合治理，自老韩桥以上至金庄全部为平地开挖新河。因1970年秋，县委在水利建设上提出“高举红旗，迎着曙光，胜利前进”的口号，故将疏浚开挖后的牛头河改名为红旗河。
前进河 原为护山排水沟，起源于马村乡何店村西，向南流经梁海、护山、赵庄村西折向东南，绕县城西南角护城河东南行，穿兖兰公路于杜庄西入洙水河，全长16公里，河底宽10米，流域面积59.5平方公里。1964年，对护山排水沟下游进行改道，自赵庄西北起，向南穿兖兰公路至嘉祥村北入洙水河。1974年冬至1975年春，对护山排水沟进行综合治理后，改名为前进河。
薛翁岔 起源于巨野县夏官屯乡姚桥西，于大山头镇南马官屯入洙水河。全长19.5公里，嘉祥县境内长12.3公里，河底宽15米。属季节性河流。
牛官屯河 起源于孟姑集乡阎楼村南，于大山头镇苏营村西入洙水河，全长12公里，河底宽9米，流域面积49平方公里。属季节性河流。
新扭头河 起源于万张乡狄楼村东北，与新、老赵王河沟通，于袁王村东南入老赵王河。全长6.1公里，河底宽5米。属季节性河流。
据考证：该河为明朝初年徐达所倡开，因老扭头河在姜庄折向东南，故称扭头河。1951年进行改道治理，定名新扭头河，也称牛头河。
靳庄河 起源于老僧堂乡北周庄西北，于前靳村南入新赵王河。全长12公里，河底宽10～15米，流域面积40.6平方公里。属季节性河流。
护山河 西起护山村南，与前进河沟通，南于新挑河乡南王村西入洙水河。全长6公里，流域面积21平方公里，河底宽5米。属季节性河流。
新建引河 西源红旗河，于桐庄乡新建村北东折入梁济运河。全长6.42公里，流域面积17.2平方公里，河底宽5米。
小王河 起源于王堌堆乡茹庄村东，于济宁市郊区兴福集西入蔡河。全长6.6公里，流域面积33.5平方公里。嘉祥县境内长4.1公里，流域面积26.4平方公里，河底宽5米。属常流河。
小王河改道 西起纸坊镇东纸坊村，东于王堌堆乡徐庄入洙水河，全长8公里，河底宽5米，流域面积22.5平方公里。属季节性河流。
友谊河 北起薛翁岔，南入洙赵新河。全长5.7公里，流域面积16.1平方公里。
袁庄沟 起源于郓城县黄堆集乡杨庄，于袁庄东入嘉祥县境，流经老僧堂乡，于孟姑集乡赵垓桥西约1.5公里处入新赵王河。全长12.9公里，河底宽7～15米，流域面积77平方公里，嘉祥县境内长6.1公里，流域面积31平方公里。
导流河 北起洙赵新河王庙桥东，南止巨野县核桃园乡蔡河。全长5公里，河底宽20米，嘉祥县境内长4公里。属常流河。