京杭运河航道 原为古泗水航道，1289年(元世祖至元二十六年)开挖会通河，北京至杭州大运河全线通航，境内段由鲁桥(今微山县境)入鱼台，经南阳(今微山县境)、谷亭至湖陵城东出境。谷亭时为两京漕运咽喉，每年过往粮船12100余艘，运输量约为2亿公斤。1565年(明嘉靖四十四年)，京杭运河改道湖东，境内南阳～谷亭～湖陵城间航道废止。1958年10月，京杭运河又改道湖西，由今张黄乡车楼东入境，至今老砦乡出境，县内航道长32公里，宽80～100米，可通行200吨级拖船，为鱼台水运骨干航道。
老万福河航道 1828年(清道光八年)，疏浚老万福河后通航。1932年，木帆船由清河涯可进入南阳湖，航程12.4公里，年通航3～4个月。建国后，经多次拓宽疏浚，境内航程增至18.4公里。1971年后，汛期可通行100吨级机动拖船，为鱼台北部主要水运航道。
新万福河航道 境内长18.5公里。1957年，始通行木帆船。1972年疏浚后，汛期可通行100吨级机动拖船。
惠河航道 1933年通航，境内长24.5公里。其中旧城至齐楼段可常年通航，旧城至鱼城段为季节性通航。1953年后，经多次清淤疏浚，汛期全程可通行60吨级拖船，其中王鲁至齐楼段可通行100吨级拖船。沿线建有王鲁、旧城、鱼城等货运码头，是鱼台中部骨干水运航道。
西支河航道 1864年(清同治三年)通航，境内航道长16公里。由谷亭南去经江苏省丰县可达安徽省砀山县境内，北行于摆渡口入南阳湖，为境内重要航运路线。1963年后，谷亭港至入湖处可通行100吨级机动船。1968年，东鱼河开挖后，郭楼以南航线截断，通航里程缩短为14.4公里。
西支河航道
幸福河航道 1974年，河成后通航，东接西支河航道，西至王庙乡田吴村北，航线长8.5公里。汛期通行30吨级机动船。
白马河航道 1836年(清光绪十六年)，开挖后可季节性通航，境内航线长24公里。1958年后，经4次疏浚，可常年通航60吨级机动船。
复新河航道 原为东支河航道，境内长8.8公里。民国年间可通行木帆船。1956年后，能通行100吨级机动船，为鱼台东部的主要航道。
苏鲁边河航道 1959年，杨楼至前华庄段可季节性通航，航道长23.5公里。1975年后，沿境河段全部通航，航道增至30.9公里，可通行30吨级机动船。
东边河航道 1864年(清同治三年)，开挖后即通行木帆船，沿境航道长8.5公里。1952年后，经4次疏浚，可通行60吨级机动船。
东鱼河航道 1968年开挖后通航。自鱼城镇杨楼村入境，于谷亭镇西姚村西入昭阳湖，境内航道长30.7公里。后因河床逐年淤塞，航道渐废。
